Черкасская богадельня для женщин была основана княгиней Н.А. Черкасской примерно в 1858 году. В это же время на участке Петербургского шоссе появилась первая деревянная церковь Троицы Живоначальной.

В начале XIX века участок принадлежал Осипу Бове, где находилась его дача. В 1853 году землю приобрела княгиня Надежда Алексеевна Черкасская, вдова героя войны 1812 года Николая Черкасского.

Княгиня решила создать на своем участке богадельню для пожилых женщин, не имеющих средств, и получила благословение от Митрополита Московского Филарета (Дроздова). В большом деревянном доме жили 15 женщин. При богадельне был построен храм Живоначальной Троицы, проект которого разработал архитектор Н.И. Финистов. Богадельня находилась под управлением Императорского Человеколюбивого общества.

После смерти княгини, похороненной вместе с мужем на территории храма, делами богадельни занялся купец Николай Спиридонов. При нем была открыта ремесленная школа для девочек, и количество постоялиц значительно возросло.

После смерти купца его вдова, Вера Богдановна Спиридонова, в 1888 году устроила при церкви новый придел в честь Святителя Николая Чудотворца в память о муже. Архитектором выступил Н.А. Воскресенский. В 1893 году к церкви пристроили каменную паперть, заменившую деревянную. Проект разработал П.П. Зыков-сын.

Строительство на территории богадельни продолжалось. В 1898 году вместо деревянных построек были возведены двухэтажные кирпичные корпуса в неорусском стиле, спроектированные И.П. Машковым. Они соединялись с храмом.

Место было переименовано в Спиридоньевское убежище для неизлечимых больных.

После Октябрьской революции церковь была закрыта. В 1921 году настоятель Иоанн Миловидов был репрессирован. В 1922 году в корпусах богадельни разместился Дом матери и ребенка имени Лениной-Крупской, а с 1928 года, амбулатория имени П.Ф. Лесгафта. В 1950-х годах в корпусах богадельни открылась детская поликлиника, которая действует до сих пор. В 2000-х годах храм был передан РПЦ.