До 1871 года при Введенско-Николаевской церкви действовал женский монастырь третьего класса, основание которого неизвестно, но уже в начале XVII века он существовал. Монастырская церковь святого Николая была упомянута в патриарших книгах за 1628 год. В 1666 году в монастыре построили новую каменную церковь во имя преподобного Никона Радонежского с приделом святого Николая, а отдельная деревянная Николаевская церковь была упразднена. В 1685 году снова возвели отдельную деревянную церковь Николая Чудотворца, которая простояла до 1710 года, когда сгорела в пожаре в Юрьеве. В этом же пожаре сгорела и деревянная монастырская церковь Введения Пресвятой Богородицы, уцелела только Никоновская церковь. В 1725 году к ней пристроили каменный придел в честь Введения Пресвятой Богородицы, но в 1763-1766 годах по инициативе игуменьи Агафии и прихожан построили новую каменную пятиглавую соборную церковь в честь Введения Богородицы. После этого Введенский престол в Никоновской церкви переименовали в Николаевский.

В 1785 году благодаря купцу Карцеву монастырь обнесли каменной оградой с трех сторон, а с северной, деревянным забором. В 1811-1826 годах вместо старой колокольни построили новую каменную, четырехъярусную, с воротами под ней. В 1856 году игуменья Пульхерия заменила деревянный забор на каменную ограду.

В 1871 году пожар уничтожил Введенский монастырь, и его больше не восстанавливали. Монахини были распределены по другим монастырям, а восстановленная Введенская церковь стала приходской.

После революции храмы закрыли, в них разместили склад и мастерские, а позже здания занял хлебозавод.

24 декабря 2000 года Священный Синод вновь открыл монастырь как мужской. На его территории сейчас ведутся восстановительные работы.