Bis 1871 gab es an der Wwedenko-Nikolaj-Kirche ein Frauenkloster dritten Grades, dessen Gründung unbekannt ist, aber bereits zu Beginn des 17. Jahrhunderts existierte. Die Klosterkirche des heiligen Nikolaus wurde in den patriarchalischen Büchern von 1628 erwähnt. 1666 wurde im Kloster eine neue steinerne Kirche im Namen des heiligen Nikon von Radonesch mit einer Kapelle des heiligen Nikolaus erbaut, während die separate hölzerne Nikolauskirche aufgehoben wurde. 1685 wurde erneut eine separate hölzerne Kirche des heiligen Nikolaus des Wundertäters errichtet, die bis 1710 stand, als sie bei einem Brand in Jurjew verbrannte. Bei diesem Brand verbrannte auch die hölzerne Klosterkirche der Einführung der Heiligen Gottesmutter, nur die Nikon-Kirche überlebte. 1725 wurde an sie eine steinerne Kapelle zu Ehren der Einführung der Heiligen Gottesmutter angebaut, aber 1763-1766 wurde auf Initiative der Äbtissin Agafja und der Gemeindemitglieder eine neue steinerne fünftürmige Kathedrale zu Ehren der Einführung der Gottesmutter erbaut. Danach wurde der Wwedensthron in der Nikon-Kirche in Nikolaj umbenannt.

1785 wurde das Kloster dank des Kaufmanns Karzew von drei Seiten mit einer steinernen Umfriedung umgeben, während die nördliche Seite mit einem hölzernen Zaun versehen wurde. 1811-1826 wurde anstelle des alten Glockenturms ein neuer steinerner, vierstöckiger mit Toren darunter erbaut. 1856 ersetzte die Äbtissin Pulcheria den hölzernen Zaun durch eine steinerne Umfriedung.

1871 zerstörte ein Feuer das Wwedenkloster, und es wurde nicht wiederhergestellt. Die Nonnen wurden auf andere Klöster verteilt, und die wiederhergestellte Wwedenkirche wurde zur Pfarrkirche.

Nach der Revolution wurden die Tempel geschlossen, sie wurden als Lager und Werkstätten genutzt, später nahm ein Brotwerk die Gebäude in Anspruch.

Am 24. Dezember 2000 eröffnete der Heilige Synod das Kloster erneut als Männerkloster. Auf seinem Gelände finden derzeit Restaurierungsarbeiten statt.