Точная дата и обстоятельства основания остаются неизвестными, однако легенды относят его появление к XIII веку, возможно, во времена правления князя Романа Угличского. Первоначально он находился на берегу Волги, недалеко от устья Троицкого ручья. Впервые упоминается в документах второй половины XV века, когда архимандрит Нафанаил, современник угличского князя Андрея Большого, присутствовал на освящении Покровского собора в одноименном угличском монастыре в 1482 году. Архимандрия сохранялась в монастыре до его закрытия в 1764 году. По грамоте князя Димитрия Жилки 1509 года монастырю было передано сельцо Синцово с деревнями и сельцо Олифннково. В 1609 году монастырь был захвачен поляками, в результате чего погибли архимандрит Лаврентий, около 60 монахов и около 500 защитников обители.

Согласно источникам, в 1670-х годах на территории монастыря находились только деревянные постройки, включая соборный Воскресенский храм, церковь Смоленской Богоматери Одигитрии с трапезной, надвратный храм Марии Египетской, шатровую колокольню, жилые и хозяйственные помещения, а также ограду. В 1674-1677 годах, по указу ростовского митрополита Ионы Сысоевича, на новом месте, известном как "Лужицы", был построен каменный ансамбль Воскресенского монастыря, представляющий собой выдающийся образец ростовского зодчества второй половины XVII века. Комплекс состоит из трех зданий, расположенных в одну линию и соединенных галереей. С северной стороны находится большой Воскресенский собор с двумя приделами: северный в честь Архангела Михаила и южный в честь Иакова. Далее следует трехпролетная звонница с престолом Марии Египетской. Завершает ансамбль трапезная палата и церковь Смоленской Богоматери. Над трапезной расположена часовая башня. Стены украшены поливными изразцами. Возможно, что строительством руководил "подмастерье каменных дел" И. Сакуяин, а росписи выполняли костромские иконописцы под руководством Ионина, сохранилось лишь несколько небольших фрагментов.

В 1764 году монастырь был упразднен и преобразован в приходскую церковь, настоятелем которой стал иеромонах Филофей. Иконы, утварь и церковные предметы были переданы в угличский Алексеевский монастырь, а затем частично возвращены для оборудования приходского храма. Престол Марии Египетской был упразднен, а названия приделов Воскресенского собора изменены: северный стал в честь Владимирской Богоматери, южный, Знаменским. В 1777-1778 годах комиссия духовной консистории проверила состояние каменных зданий и рекомендовала срочный ремонт. Деревянные сооружения также были в аварийном состоянии. С 80-х годов XVIII века в трапезной размещалось уездное духовное училище. В начале XIX века начались восстановительные работы, включая ремонт крыши, укрепление стен и сводов соборного храма, а также восстановление ограды. К 1811 году кирпичные ворота были полностью восстановлены. С 1814 года началось восстановление живописного убранства во Владимирском и Знаменском приделах собора. В 1851 году художник А.И. Ненастьев расписал купол Воскресенского собора, а в 1862-1865 годах Д.Г. Буренин заново расписал стены храма. Фрагменты росписей сохранились до наших дней. Несмотря на интенсивные работы в начале XX века, ансамбль оказался в аварийном состоянии из-за слабого грунта.

В 1918 году монастырь был передан Угличскому музею древностей, где временно разместили часть коллекции древнерусского искусства. В 1920-х годах подклетные помещения использовались как склады. В середине 1930-х годов монастырь попал в зону строительства Угличской ГЭС и использовался для нужд "Волгостроя" НКВД. В 1950-1970-х годах была проведена комплексная реставрация, включая химическое укрепление грунта, что спасло памятник от разрушения. В конце 1980-х годов началась музеефикация монастыря, но была прекращена из-за отсутствия средств.

Весной 1999 года, благодаря усилиям ныне покойного Архиепископа Ярославского и Ростовского Михея, комплекс зданий был передан Русской Православной Церкви, и в нем возобновилась мужская обитель. Первым настоятелем стал игумен, ныне архимандрит Виктор Захаров. 6 июня 2000 года прошла первая Божественная Литургия, а 18 сентября того же года епископом Иосифом был освящен храм Смоленской иконы Божией Матери.