Монастырь был основан в середине XVI века княгиней Ефросиньей Старицкой, вдовой князя Андрея Старицкого, который приходился дядей царю Иоанну Грозному.

На тот момент в Кириллове уже существовал монастырь, а в Горицах находились деревянная Воскресенская оброковая церковь и Введенская ружная церковь. Княгиня Евфросиния заменила деревянную Воскресенскую церковь на каменную с приделом преподобного Кирилла Белозерского Чудотворца в 1544 году, что принято считать годом основания монастыря. В это же время была возведена новая тёплая церковь во имя Божией Матери Одигитрии с трапезной. В 1611 году инокиня Марфа построила над Воскресенским собором квадратную колокольню с четырьмя проёмами для колоколов.

На территории монастыря в 1821 году, при игуменье Маврикии Ходневой, с восточной стороны Воскресенской церкви, на месте захоронения княгинь инокинь Евдокии и Александры, вместо деревянной часовни был возведён каменный трёхпрестольный тёплый храм в честь святой Троицы.

Также в 1832 году на средства княжны Хованской, в схиме Параскевы, была построена каменная, тёплая, двухэтажная Покровская церковь, расположенная в ограде с восточной стороны монастыря.

За пределами монастырских стен в 1905 году, при игуменье Адриане, были сооружены монастырская пристань и каменная часовня в честь Иоанна Предтечи, напротив северо-западного угла монастыря. Вне монастыря также находились деревянные хозяйственные постройки, скотные дворы, кладовые и другие сооружения.