Монастырь был основан византийскими монахами-иконопочитателями не позднее VIII века. В 754 году в Византийской империи начались гонения на иконы, и молитва перед ними стала считаться идолопоклонством. Согласно легенде, монах Михаил решил спасти икону, забрав её из монастыря. Он отправился в странствия, чтобы найти новое убежище. В своих поисках Михаил добрался до Крыма, где ему во сне явилась Дева Мария и сообщила, что гонения скоро прекратятся, а ему нужно поселиться в одной из пещер в ущелье, где впоследствии возникнет большой монастырь. Пророчество, как утверждают, сбылось: в 780 году борьба с иконами закончилась, а пещера с Михаилом превратилась в крупный монастырь.

В 1475 году Османская империя захватила город Чуфут-Кале, уничтожив половину его жителей и основав новый город Бахчисарай. Все это происходило в 2-3 км от монастыря. Во время боевых действий и строительства Бахчисарая Свято-Успенский монастырь не только сохранился, но и стал центром христианства в Крыму. Существует множество легенд о том, что крымские ханы перед важными событиями приходили в монастырь к святой иконе за помощью.

Новые трудные времена для храма наступили в 1778 году, когда крымские ханы начали преследования христиан и их веры. Большая часть православного населения переселилась к берегам Азовского моря, где были основаны многочисленные села и будущий город Мариуполь. Крымский хан не ограничился чистками на полуострове и совершал набеги на материковую часть Российской империи, что привело к войне с Россией. В 1783 году Крымский полуостров перешел под управление Российской империи, и Свято-Успенский монастырь вновь стал местом притяжения прихожан и верующих со всей России.

Тяжелые времена настали после революции 1917 года, когда храм был закрыт и разграблен. Восстановление началось в 1993 году, когда территория храма была передана Крымскому патриархату, и начались долгие годы восстановления древних святынь.

Сегодня Свято-Успенский монастырь открыт для всех. Посещение разрешается строго по церковным канонам: мужчинам нельзя входить в шортах, а женщины должны быть в юбках и с покрытой головой.