Музей был основан в 60-е годы XX века на общественных началах. В его создании участвовали учителя Тюменцевской средней школы, в том числе Агния Деомидовна Кочергова, и краевед Юрий Сергеевич Орлов. Орлов вместе с учениками проводил раскопки курганов, и именно эти находки стали основой для музея. В 1967 году ученики и учителя школы построили для музея одноэтажное кирпичное здание, и 6 ноября того же года состоялось открытие Ленинского школьного музея.

С 2003 года музей получил статус муниципального учреждения под названием «Тюменцевский районный историко-краеведческий музей». На тот момент фонды музея насчитывали около 500 предметов. Сегодня основной фонд включает 5 078 предметов, среди которых коллекции этнографии, декоративно-прикладного искусства, нумизматики и другие. С 2011 года музей активно участвует в краевой грантовой политике.

В 2017 году музей был реорганизован и стал частью сектора «Тюменцевский районный историко-краеведческий музей» в составе МБУК «Многофункциональный культурный центр» Тюменцевского района Алтайского края. В этом же году музей переехал в новое здание, что позволило увеличить его площадь, улучшить условия хранения и обновить оборудование. Появился выставочный зал, и музей стал более современным. Экспозиция теперь представляет собой последовательность культурно-исторических моделей от древности до современности. Благодаря разнообразию подлинных экспонатов, макетов, интерьеров и музейных инсталляций, экспозиция стала более познавательной и увлекательной.