Музей был открыт для общественности в 1973 году благодаря инициативе Максима Алексеевича Шубенкова и изначально находился в небольшом барачном здании. В 1980 году ему предоставили помещения на втором этаже бывшего здания госбанка. По просьбе городской администрации, согласно распоряжению Совета Министров БАССР от 23 июня 1989 года, музей в Туймазах стал филиалом Башкирского Объединенного музея, который сейчас известен как Национальный музей Республики Башкортостан. Директором была назначена Лилия Ныкмухаметовна Кадырова, которая руководила музеем в течение 18 лет.

Изначально количество экспонатов было небольшим, и требовались материалы для создания первых выставок. Первые два зала открылись 23 февраля 1990 года. За прошедшие годы музей зарекомендовал себя как уникальное учреждение, где собраны редкие и интересные экспонаты.

Экскурсии и лекции, проводимые научными сотрудниками музея, пользуются постоянным спросом в учебных заведениях города и района. Посетителей из других городов привлекает камерность и яркость экспозиций. Дошкольники и школьники особенно интересуются залом «Растительный и животный мир РБ», а старшее поколение ценит возможность увидеть историю родного края через лица и события. Никто не остается равнодушным после посещения зала «Материальная культура народов РБ». Жители Туймазов и гости города с удовольствием посещают художественные выставки, организуемые музеем.