Свято-Троицкий Селенгинский мужской монастырь, первый в Забайкалье, был основан в 1683 году по указу царя Федора Алексеевича членами Даурской духовной миссии 1681 года. Руководитель миссии игумен Феодосий, иеромонах Макарий и десять монахов заложили обитель на месте старого монастырского строения, возведенного ранее Нерчинскими казаками. Уже в 1684 году здесь был построен первый храм в честь Святой Живоначальной Троицы. Со временем в монастыре появились храмы святого Архистратига Михаила, Всех Святых и святого Николая Чудотворца.

Основной целью монастыря было распространение христианства среди местных народов и духовная поддержка переселенцев из России. Изначально монастырь был деревянным с крепкими защитными стенами, представляя собой мощное укрепление. Позже деревянные постройки заменили на каменные.

Монастырь имел важное административное, культурное и нравственное значение для региона. Будучи форпостом России за Байкалом и находясь на пересечении дорог с Востока на Запад и с Севера на Юг, он быстро развивался и стал крупнейшей обителью своего времени. Его посещали многие известные религиозные и государственные деятели, такие как прадед А.С. Пушкина, А.П. Ганнибал, крестник Петра I, а также будущий император Николай II Александрович, который подарил монастырю «сребропозлащенный» напрестольный крест. В монастыре долгое время жил Иннокентий Иркутский Кульчицкий, ожидавший отправления в Китай, и его духовником был архимандрит Мисаил, член Даурской духовной миссии. По преданию, на территории монастыря сохранился источник, освященный святителем.

В 1920 году монастырь был закрыт. В советское время здесь сначала находилась колония, а затем психиатрическая больница. В декабре 2006 года весь комплекс монастырских строений был передан Русской Православной Церкви, и началось возрождение монастыря.

Монастырь занимает обширную территорию, окруженную стенами. Сохранились три храма: Троицкий, Михаило-Архангельский и Никольский, а также различные постройки, оставшиеся с периода, когда здесь размещалась психиатрическая больница.

В монастыре регулярно проводятся богослужения, церковные Таинства и Крестные ходы. Постепенно восстанавливается монашеский уклад жизни.

Братия монастыря активно занимается миссионерской, социальной и молодежной деятельностью.