Le monastère masculin de la Sainte-Trinité de Selenghinsky, le premier en Transbaïkalie, a été fondé en 1683 par ordre du tsar Fiodor Alexeïevitch par des membres de la mission spirituelle Daurienne de 1681. Le responsable de la mission, l'igoumène Théodose, l'hiéromoine Macaire et dix moines ont établi le monastère sur le site d'une ancienne construction monastique, érigée auparavant par les cosaques de Nerchinsk. Dès 1684, le premier temple a été construit en l'honneur de la Sainte Trinité. Avec le temps, des églises en l'honneur de l'archange Michel, de tous les saints et de saint Nicolas le Miracle-Faire ont vu le jour dans le monastère.

L'objectif principal du monastère était de répandre le christianisme parmi les peuples locaux et de soutenir spirituellement les colons venus de Russie. À l'origine, le monastère était en bois avec de solides murs de protection, représentant une puissante fortification. Plus tard, les constructions en bois ont été remplacées par des structures en pierre.

Le monastère avait une importance administrative, culturelle et morale significative pour la région. Étant un avant-poste de la Russie au-delà du Baïkal et situé à la croisée des routes de l'Est à l'Ouest et du Nord au Sud, il s'est rapidement développé et est devenu le plus grand monastère de son temps. De nombreuses personnalités religieuses et politiques célèbres l'ont visité, telles que l'arrière-grand-père d'A.S. Pouchkine, A.P. Hannibal, le filleul de Pierre Ier, ainsi que le futur empereur Nicolas II Alexandrovitch, qui a offert au monastère une croix d'autel « en argent doré ». Le moine Innocent d'Irkoutsk Koulchitski a longtemps vécu dans le monastère en attendant son envoi en Chine, et son directeur spirituel était l'archimandrite Misaïl, membre de la mission spirituelle Daurienne. Selon la légende, une source consacrée par un saint est restée sur le territoire du monastère.

En 1920, le monastère a été fermé. À l'époque soviétique, il a d'abord été transformé en colonie, puis en hôpital psychiatrique. En décembre 2006, l'ensemble du complexe monastique a été transféré à l'Église orthodoxe russe, et la renaissance du monastère a commencé.

Le monastère occupe un vaste territoire entouré de murs. Trois églises ont été préservées : la Trinité, l'archange Michel et saint Nicolas, ainsi que diverses constructions datant de la période où l'hôpital psychiatrique était situé ici.

Des services religieux, des sacrements et des processions ont lieu régulièrement au monastère. La vie monastique est progressivement restaurée.

La communauté monastique s'engage activement dans des activités missionnaires, sociales et de jeunesse.