Das Heilige Dreifaltigkeits-Selengin-Männerkloster, das erste in Transbaikalien, wurde 1683 auf Befehl von Zar Fjodor Alexejewitsch von Mitgliedern der Daurischen geistlichen Mission von 1681 gegründet. Der Leiter der Mission, Abt Theodosij, der Hieromönch Makari und zehn Mönche legten das Kloster an der Stelle eines alten Klostergebäudes, das zuvor von den Nerchinsk-Kosaken errichtet worden war, an. Bereits 1684 wurde hier der erste Tempel zu Ehren der Heiligen Lebensspendenden Dreifaltigkeit erbaut. Im Laufe der Zeit entstanden im Kloster Tempel des heiligen Erzengels Michael, aller Heiligen und des heiligen Nikolaus des Wundertäters.

Das Hauptziel des Klosters war die Verbreitung des Christentums unter den einheimischen Völkern und die geistliche Unterstützung von Umsiedlern aus Russland. Ursprünglich war das Kloster aus Holz mit starken Schutzmauern und stellte eine mächtige Festung dar. Später wurden die Holzbauten durch Steinbauten ersetzt.

Das Kloster hatte eine wichtige administrative, kulturelle und moralische Bedeutung für die Region. Als Vorposten Russlands jenseits des Baikals und an der Kreuzung der Straßen von Ost nach West und von Nord nach Süd entwickelte es sich schnell und wurde zu einem der größten Klöster seiner Zeit. Viele bekannte religiöse und staatliche Persönlichkeiten besuchten es, darunter der Urgroßvater von A.S. Puschkin, A.P. Gannibal, der Pate von Peter I., sowie der zukünftige Kaiser Nikolai II. Alexandrowitsch, der dem Kloster ein „silbervergoldetes“ Altarkreuz schenkte. Im Kloster lebte lange Zeit der Heilige Innocentius von Irkutsk-Kulchitski, der auf seine Abreise nach China wartete, und sein geistlicher Begleiter war der Archimandrit Misail, ein Mitglied der Daurischen geistlichen Mission. Der Legende nach gibt es auf dem Klostergelände eine Quelle, die von einem Heiligen geweiht wurde.

1920 wurde das Kloster geschlossen. In der Sowjetzeit befand sich hier zunächst eine Kolonie und später eine psychiatrische Klinik. Im Dezember 2006 wurde der gesamte Komplex der Klostergebäude an die Russische Orthodoxe Kirche übergeben, und die Wiederbelebung des Klosters begann.

Das Kloster erstreckt sich über ein weites Gelände, das von Mauern umgeben ist. Es sind drei Tempel erhalten geblieben: der Dreifaltigkeitstempel, der Michael-Archangel-Tempel und der Nikolaustempel, sowie verschiedene Gebäude, die aus der Zeit stammen, als hier eine psychiatrische Klinik untergebracht war.

Im Kloster finden regelmäßig Gottesdienste, kirchliche Sakramente und Kreuzprozessionen statt. Der klösterliche Lebensstil wird allmählich wiederhergestellt.

Die Brüder des Klosters engagieren sich aktiv in missionarischer, sozialer und jugendlicher Arbeit.