Согласно местной муромской легенде, Воскресенский девичий монастырь был основан в XIII веке и связан с именами святых князей Петра и Февронии, которые, как считается, посетили это место и благословили холм, где позже и возник монастырь.

Одно из первых достоверных упоминаний о Воскресенской церкви датируется 1566 годом. В 1616 году здесь был убит священник Иоанн польскими войсками Лисовского. Первое подробное описание церкви содержится в описи 1637 года: она была деревянной, с тремя шатрами, увенчанными железными крестами, и имела два придела, Архистратига Михаила и святого Николая Чудотворца. В храме находились 13 икон, два оловянных сосуда, серебряный крест и 25 книг.

Рядом с Воскресенской церковью стояла деревянная церковь Введения Пресвятой Богородицы, в которой служили зимой благодаря наличию печи. Возле неё располагалась деревянная колокольня с восемью колоколами общим весом 80 пудов. Монастырь, в котором проживало 16 монахинь под руководством игуменьи Мариамны, был окружён деревянной оградой и содержался на средства купца Семёна Фёдоровича Черкасова.

В 1620 году игуменья Маремьяна получила право на производство кваса и сусла, что приносило монастырю доход в 20 рублей в год. В 1646 году обе церкви оставались деревянными, а число келий увеличилось до 30. Во второй половине XVII века Авраам Черкасов построил кирпичные храмы, но точное время их возведения неизвестно. К 1678 году в монастыре проживала игуменья и 26 стариц, а в 1723 году к нему было приписано 26 домов.

Монастырь существовал до 1764 года, когда в результате указа Екатерины II о секуляризации церковных земель Воскресенская и Введенская церкви стали приходскими, а монахини были переведены в Троицкую обитель.

В XIX и начале XX веков храмы оставались приходскими, а рядом находилось одно из городских кладбищ. В 1897 году Воскресенский собор получил новый иконостас, а в Введенском храме были два престола.

В советское время монастырь, как и многие другие муромские храмы, был закрыт, а его здания использовались как склады. В 1929 году кладбище уничтожили, а позже на его месте устроили футбольное поле. В 1970-1980-е годы в Воскресенской церкви была спортивная секция, а в храме, спортзал с рингом.

В 1998 году храмы были возвращены Владимиро-Суздальской епархии, и в них возродилась монашеская жизнь. В 2013 году, с образованием Муромской епархии, монастырь перешёл в её ведение. Рядом с монастырём находится святой источник Петра и Февронии.