Основанный в XIII веке на пути от Суздальского Кремля к Кидекше, Васильевский монастырь изначально представлял собой мощное укрепление, позже преобразованное в монастырь. По преданию, это место связано с князем Владимиром Красное Солнышко, который при крещении принял имя Василий. Считается, что суздальцы приняли христианство в церкви, ранее располагавшейся на территории современного Васильевского монастыря.

Собор Василия Великого был построен в 1662-1669 годах на месте старой деревянной церкви. Его архитектура отличается простотой: кубическая форма увенчана главкой на восьмигранной призме. Под кровлей сохранились основания ещё двух барабанов, что указывает на первоначальный замысел сделать его трёхглавым. Декор собора также прост, с наиболее изысканными элементами в виде входных порталов. Небольшая трапезная соединяет собор с трёхъярусной колокольней XIX века, украшенной пилястрами и резными карнизами. Одноглавая Сретенская трапезная церковь, построенная в конце XVII века, имеет восьмискатную крышу, напоминающую церковь Архиерейских палат в Суздальском кремле.

В 1764 году Васильевский монастырь был переведён в разряд заштатных. До 1899 года он был приписан к Ризоположенскому монастырю, а до 1916 года, к Спасо-Евфимиеву монастырю.

С 1916 года монастырь функционировал как женский, но был закрыт советской властью 15 февраля 1923 года.

Васильевский собор был реставрирован в 1959-1961 годах под руководством В. В. Гасперовича. С 1960-х годов на территории монастыря размещались склады.

31 января 1995 года была вновь зарегистрирована община мужского Васильевского монастыря, а 6 июня того же года Священный Синод Русской православной церкви благословил его открытие.