Свияжский Богородице-Успенский мужской монастырь, изначально известный как Свияжский Богородицкий монастырь, был основан в 1555 году одновременно с созданием Казанской епархии. Его основателем и первым настоятелем стал архимандрит Герман Садырев-Полев, который позже стал вторым архиепископом Казанским и был канонизирован как святитель Герман, Казанский чудотворец. С 1592 года его мощи стали главной святыней монастыря.

Этот монастырь служил главным православным духовно-просветительским и миссионерским центром Казанской епархии и Среднего Поволжья в XVI и XVIII веках. По сохранившимся данным, при святителе Германе в монастыре появилась типография для печати Священного Писания и богослужебных книг, что произошло раньше, чем в Москве у Ивана Фёдорова.

В XVI и XVIII веках монастырь был одним из богатейших в Среднем Поволжье и входил в число 20 самых богатых в России. Архимандрит монастыря занимал 7-е место по значимости на Руси. На землях монастыря перед реформой 1764 года насчитывалось 7200 мужских крестьянских душ, столько же, сколько во всех остальных монастырях Казанской епархии вместе взятых.

Согласно монастырской реформе 1764 года, монастырь был возведён в I класс, высший для монастырей Российской империи. До 1809 года он оставался единственным первоклассным в Казанской епархии, пока этот статус не получил Казанский Богородицкий монастырь.

В XIX веке из-за обеднения города Свияжска и секуляризации церковных земель 1764 года монастырь пришёл в упадок. Братия, когда-то превышавшая 100 человек, к началу XX века сократилась до 20-25 монахов и послушников, а доходы монастыря стали уступать другим монастырям епархии.

9 августа 1918 года красноармейцы жестоко убили без суда последнего настоятеля обители, епископа Свияжского Амвросия Гудко, который был канонизирован в 2000 году как новомученик.

В годы становления советской власти монастырь был закрыт и разграблен, а мощи святителя Германа вскрыты красногвардейцами. Позже их спрятали под престолом кладбищенского храма Ярославских чудотворцев в Казани, а в 2000 году они были возвращены в Свияжск.

В советское время на территории монастыря находилась психиатрическая больница, которая была выведена в 1994 году.

В 1997 году Свияжский Богородице-Успенский мужской монастырь был официально возрождён.

14 июня 2019 года в монастыре была отреставрирована и открыта мемориальная келья основателя монастыря святителя Германа Садырева-Полева. 28 августа того же года митрополит Казанский и Татарстанский Феофан Ашурков освятил обновлённый Успенский собор монастыря. 20 августа в монастыре восстановили памятник преподобному Сергию Радонежскому, созданный в конце 1990-х годов по благословению игумена Кирилла Коровина, но утерянный при реконструкции монастыря. Его нашли закопанным у алтарной части Успенского собора.