Основание Николаевского монастыря тесно связано с именем его основателя, Феофилакта Яковлева. Н. М. Щегольков сообщает, что около 1580 года житель Арзамаса Феофилакт Яковлев построил деревянную церковь в честь Николая Чудотворца на свои средства. Это подтверждается грамотой царя Алексея Михайловича от 28 марта 1670 года, адресованной князю Леонтию Шайсупову, в которой говорится, что Никольский девичий монастырь был построен более девяноста лет назад. В те времена священников выбирали прихожане, и, вероятно, Феофилакт сам стал настоятелем. Игумен Спасского монастыря Сергий подарил храму резной образ святителя Николая и предложил создать при храме женский монастырь, что поддержал Феофилакт. Он построил рядом еще одну деревянную церковь во имя Богоявления с приделом Св. Георгия Победоносца, жилые помещения, колокольню и 30 келий, оградив территорию забором. В 1612 году второе народное ополчение под руководством Минина и Пожарского освободило Москву, а в 1613 году на царство был избран Михаил Федорович Романов. Царь, поддерживаемый патриархом Филаретом, благоволил Арзамасу и Николаевскому монастырю, подтверждая его права на владения и устанавливая государственные дотации. В 1634 году он основал в Арзамасе вторую женскую обитель, Алексеевскую. В начале XVII века Арзамас, как и другие русские города, часто страдал от пожаров. В 1650 году молния вызвала пожар, уничтоживший обе церкви, кельи и ограду Николаевского монастыря, а также часть кремля. Монахини, вероятно, нашли приют в Алексеевской обители.

К 1913 году монастырь был полностью благоустроен. Его здания были покрашены, дорожки и клумбы радовали глаз. Внутреннее убранство храмов с резными иконостасами и иконами было гордостью монахинь, число которых достигло 325. Сестры жили своим трудом, работая на монастырских землях, в иконописной мастерской, шили облачения, изготавливали обувь и другие изделия. Монастырь украшал город, а его архитектурные формы и колокольный звон восхищали жителей и гостей. Арзамас переживал пожары, но всегда восстанавливался. Однако революция нанесла более серьезный урон, разрушив храмы и память предков. Тем не менее, духовность сохранилась, и сейчас Николаевский монастырь медленно возрождается. Усилиями монахинь восстановлены Богоявленская церковь, главный соборный храм и колокольня, а золотые звезды вновь сияют на синих куполах.