La fundación del monasterio de Nicolás está estrechamente relacionada con el nombre de su fundador, Teofilacto Yakovlev. N. M. Shchegolkov informa que alrededor de 1580, un habitante de Arzamás, Teofilacto Yakovlev, construyó una iglesia de madera en honor a San Nicolás el Taumaturgo con sus propios medios. Esto se confirma con un decreto del zar Alexei Mikhailovich del 28 de marzo de 1670, dirigido al príncipe Leontiy Shaisupov, en el que se menciona que el monasterio de doncellas de Nicolás fue construido hace más de noventa años. En esos tiempos, los sacerdotes eran elegidos por los feligreses, y probablemente Teofilacto se convirtió en el abad. El igumen del monasterio de Spassky, Sergiy, regaló a la iglesia una imagen tallada del santo Nicolás y propuso crear un monasterio femenino junto a la iglesia, lo cual fue apoyado por Teofilacto. Él construyó cerca otra iglesia de madera en honor a la Epifanía con una capilla de San Jorge el Victorioso, así como habitaciones, un campanario y 30 celdas, cercando el territorio con una valla. En 1612, el segundo ejército popular bajo el mando de Minin y Pozharsky liberó Moscú, y en 1613, Mikhail Fyodorovich Romanov fue elegido para el trono. El zar, apoyado por el patriarca Filaret, favoreció a Arzamás y al monasterio de Nicolás, confirmando sus derechos sobre las propiedades y estableciendo subsidios estatales. En 1634, fundó en Arzamás un segundo monasterio femenino, el de Alekseyevsky. A principios del siglo XVII, Arzamás, al igual que otras ciudades rusas, sufría a menudo de incendios. En 1650, un rayo provocó un incendio que destruyó ambas iglesias, las celdas y la cerca del monasterio de Nicolás, así como parte del kremlin. Las monjas, probablemente, encontraron refugio en el monasterio de Alekseyevsky.

Para 1913, el monasterio estaba completamente acondicionado. Sus edificios estaban pintados, los senderos y los parterres alegraban la vista. La decoración interior de las iglesias, con iconostasios tallados e íconos, era el orgullo de las monjas, cuyo número alcanzó los 325. Las hermanas vivían de su trabajo, cultivando las tierras del monasterio, trabajando en el taller de iconografía, cosiendo vestimentas, fabricando calzado y otros productos. El monasterio embellecía la ciudad, y sus formas arquitectónicas y el sonido de las campanas maravillaban a los habitantes y visitantes. Arzamás sufrió incendios, pero siempre se recuperó. Sin embargo, la revolución causó un daño más serio, destruyendo templos y la memoria de los antepasados. No obstante, la espiritualidad se ha mantenido, y ahora el monasterio de Nicolás está resurgiendo lentamente. Gracias a los esfuerzos de las monjas, se han restaurado la iglesia de la Epifanía, la catedral principal y el campanario, y las estrellas doradas brillan nuevamente en las cúpulas azules.