L'établissement du monastère Saint-Nicolas est étroitement lié au nom de son fondateur, Théophile Yakovlev. N. M. Shchegolkova rapporte qu'environ 1580, un habitant d'Arzamas, Théophile Yakovlev, a construit une église en bois en l'honneur de Nicolas le Miracleux à ses propres frais. Cela est confirmé par le décret du tsar Alexeï Mikhaïlovitch du 28 mars 1670, adressé au prince Léonti Shaïsupov, dans lequel il est dit que le monastère féminin Saint-Nicolas a été construit il y a plus de quatre-vingt-dix ans. À cette époque, les prêtres étaient choisis par les paroissiens, et il est probable que Théophile soit devenu lui-même le supérieur. L'abbé du monastère de Spassky, Serge, a offert à l'église une icône sculptée de saint Nicolas et a proposé de créer un monastère féminin à proximité, ce que Théophile a soutenu. Il a construit à côté une autre église en bois au nom de l'Épiphanie avec une chapelle dédiée à saint Georges le Victorieux, des logements, un clocher et 30 cellules, entourant le territoire d'une clôture. En 1612, le deuxième soulèvement populaire sous la direction de Minine et Pojarski a libéré Moscou, et en 1613, Mikhaïl Fiodorovitch Romanov a été élu tsar. Le tsar, soutenu par le patriarche Philaret, a favorisé Arzamas et le monastère Saint-Nicolas, confirmant ses droits de propriété et établissant des subventions d'État. En 1634, il a fondé à Arzamas un deuxième monastère féminin, le monastère Alexeïevski. Au début du XVIIe siècle, Arzamas, comme d'autres villes russes, souffrait souvent d'incendies. En 1650, un éclair a provoqué un incendie qui a détruit les deux églises, les cellules et la clôture du monastère Saint-Nicolas, ainsi qu'une partie du kremlin. Les religieuses ont probablement trouvé refuge dans le monastère Alexeïevski.

D'ici 1913, le monastère était entièrement aménagé. Ses bâtiments étaient peints, les allées et les parterres de fleurs réjouissaient les yeux. La décoration intérieure des églises avec des iconostases sculptés et des icônes était la fierté des religieuses, dont le nombre avait atteint 325. Les sœurs vivaient de leur travail, travaillant sur les terres du monastère, dans l'atelier d'icônes, cousant des ornements, fabriquant des chaussures et d'autres produits. Le monastère embellissait la ville, et ses formes architecturales et le son des cloches émerveillaient les habitants et les invités. Arzamas a connu des incendies, mais s'est toujours rétabli. Cependant, la révolution a causé des dommages plus graves, détruisant les églises et la mémoire des ancêtres. Néanmoins, la spiritualité a été préservée, et maintenant le monastère Saint-Nicolas renaît lentement. Grâce aux efforts des religieuses, l'église de l'Épiphanie, la cathédrale principale et le clocher ont été restaurés, et les étoiles dorées brillent à nouveau sur les dômes bleus.