К XV веку Спасо-Преображенский монастырь уже существовал благодаря усилиям великого князя Рязанского Ивана Васильевича. На протяжении нескольких веков он оставался деревянным, пережив множество пожаров и разрушений, в том числе во время нападения войск гетмана Петра Сагайдачного и королевича Владислава на Переяславль Рязанский. В 1647 году пожар уничтожил все деревянные постройки кремля и монастыря. В 1640-х годах была построена первая каменная церковь Богоявления Господня с двумя приделами в честь Покрова Божией Матери и апостола Иоанна Богослова, а также колокольня с шестью колоколами. О ранней истории монастыря сохранилось немного сведений. Известно, что настоятели обладали значительной властью. В «Дополнительных о Рязанской епархии сведениях» архимандрит Иероним упоминает, что настоятели были архимандритами, хотя монастырь не считался знаменитым. В 1653 году архимандриты Боголеп и Солотчинский Сергий получили разрешение служить в белой шапке и использовать ковер при служении. Значимость монастыря подтверждается участием его представителей в Соборах в Москве. Например, на Соборе 1589 года присутствовал архимандрит Солотчинского монастыря из Рязани, а через три года был упомянут и Спасский архимандрит. С 1742 года архимандриты получили право носить наперсные кресты. С 1868 года монастырь управлялся викарием до 1902 года, когда кафедра была переведена в Троицкий монастырь, но в 1907 году возвращена в Спасский монастырь. Среди викарных епископов был Исидор, служивший с 1906 по 1911 год и погибший в 1918 году. Штат монастыря менялся незначительно: в 1746 году он состоял из архимандрита и 20 братии, получавших жалование и хлеб. К 1917 году в монастыре числилось 16 монахов. В 1757 году монастырь был признан первостепенным, и в нем появились наместники. С конца XVIII века архимандриты возглавляли Епаршую семинарию, что повышало престиж монастыря и учебного заведения.

В 1920 году монастырь закрыли. Передача его зданий началась в 1996 году, когда был возвращен настоятельский и братский корпус, в котором разместилось Духовное училище. 6 октября 2005 года Священный Синод во главе с Патриархом Алексием II решил открыть Спасо-Преображенский мужской монастырь в Рязани и возобновить монашескую жизнь. Наместником стал иеромонах Игнатий Депутатов. Сейчас монастырская жизнь продолжается в историческом здании совместно с Духовной семинарией, и храмы монастыря были переданы обратно.