Im 15. Jahrhundert existierte das Spaso-Transfiguration Kloster bereits dank der Bemühungen des Großfürsten von Rjasan, Ivan Vasilievich. Über mehrere Jahrhunderte blieb es aus Holz und überstand zahlreiche Brände und Zerstörungen, unter anderem während des Angriffs der Truppen des Hetman Peter Sagaidachny und des Königlichen Vladislav auf Perjaslawl Rjasan. 1647 zerstörte ein Feuer alle Holzgebäude des Kremls und des Klosters. In den 1640er Jahren wurde die erste steinerne Kirche der Erscheinung des Herrn mit zwei Seitenkapellen zu Ehren des Schutzes der Gottesmutter und des Apostels Johannes des Theologen sowie ein Glockenturm mit sechs Glocken erbaut. Über die frühe Geschichte des Klosters sind nur wenige Informationen erhalten. Es ist bekannt, dass die Abteien erhebliche Macht hatten. In den "Zusätzlichen Informationen über das Bistum Rjasan" erwähnt der Archimandrit Hieronymus, dass die Abteien Archimandriten waren, obwohl das Kloster nicht als berühmt galt. 1653 erhielten die Archimandriten Bogolep und Solotschinski Sergius die Erlaubnis, in weißen Mützen zu dienen und einen Teppich bei der Liturgie zu verwenden. Die Bedeutung des Klosters wird durch die Teilnahme seiner Vertreter an den Konzilen in Moskau bestätigt. Zum Beispiel war beim Konzil von 1589 der Archimandrit des Solotschinski Klosters aus Rjasan anwesend, und drei Jahre später wurde auch der Spassky Archimandrit erwähnt. Ab 1742 erhielten die Archimandriten das Recht, Brustkreuze zu tragen. Von 1868 bis 1902 wurde das Kloster von einem Vikarbischof geleitet, als der Bischofssitz in das Dreifaltigkeitskloster verlegt wurde, aber 1907 wurde er zurück ins Spassky Kloster verlegt. Unter den Vikarbischöfen war Isidor, der von 1906 bis 1911 diente und 1918 starb. Der Personalstand des Klosters änderte sich nur geringfügig: 1746 bestand er aus einem Archimandriten und 20 Brüdern, die Gehalt und Brot erhielten. Bis 1917 zählte das Kloster 16 Mönche. 1757 wurde das Kloster als vorrangig anerkannt, und es wurden Verwalter eingesetzt. Seit dem Ende des 18. Jahrhunderts leiteten die Archimandriten das Diözesanseminar, was den Prestige des Klosters und der Bildungseinrichtung erhöhte.

1920 wurde das Kloster geschlossen. Die Übergabe seiner Gebäude begann 1996, als das Abt- und Brüderhaus zurückgegeben wurde, in dem eine Geistliche Schule untergebracht wurde. Am 6. Oktober 2005 beschloss der Heilige Synod unter der Leitung von Patriarch Alexius II, das Spaso-Transfiguration Männerkloster in Rjasan zu eröffnen und das klösterliche Leben wiederherzustellen. Der Abt wurde der Hieromönch Ignatius Deputatov. Heute setzt sich das klösterliche Leben in dem historischen Gebäude gemeinsam mit der Geistlichen Seminar fort, und die Kirchen des Klosters wurden zurückgegeben.