Para el siglo XV, el monasterio de Spaso-Preobrazhensky ya existía gracias a los esfuerzos del gran príncipe de Riazán, Iván Vasílievich. Durante varios siglos, permaneció de madera, sobreviviendo a numerosos incendios y destrucciones, incluyendo durante el ataque de las tropas del hetman Pedro Sagaidachny y del príncipe Vladislav a Pereiaslavl Riazán. En 1647, un incendio destruyó todos los edificios de madera del kremlin y del monasterio. En la década de 1640 se construyó la primera iglesia de piedra de la Epifanía del Señor con dos capillas en honor a la Protección de la Madre de Dios y al apóstol Juan el Teólogo, así como un campanario con seis campanas. Se conservan pocos datos sobre la historia temprana del monasterio. Se sabe que los superiores poseían un poder significativo. En los "Datos adicionales sobre la diócesis de Riazán", el archimandrita Jerónimo menciona que los superiores eran archimandritas, aunque el monasterio no era considerado famoso. En 1653, los archimandritas Bogolep y Solotchinski Sergiy recibieron permiso para servir con un sombrero blanco y usar una alfombra durante el servicio. La importancia del monasterio se confirma con la participación de sus representantes en los Concilios en Moscú. Por ejemplo, en el Concilio de 1589 estuvo presente el archimandrita del monasterio de Solotchinsk de Riazán, y tres años después también se mencionó al archimandrita de Spas. Desde 1742, los archimandritas obtuvieron el derecho a llevar cruces pectorales. Desde 1868, el monasterio fue administrado por un vicario hasta 1902, cuando la sede fue trasladada al monasterio de la Trinidad, pero en 1907 fue devuelta al monasterio de Spas. Entre los obispos vicarios estuvo Isidoro, que sirvió de 1906 a 1911 y murió en 1918. El personal del monasterio cambió poco: en 1746 consistía en un archimandrita y 20 hermanos que recibían salario y pan. Para 1917, el monasterio contaba con 16 monjes. En 1757, el monasterio fue reconocido como de primera categoría, y aparecieron gobernadores en él. Desde finales del siglo XVIII, los archimandritas dirigieron el seminario diocesano, lo que aumentó el prestigio del monasterio y de la institución educativa.

En 1920, el monasterio fue cerrado. La transferencia de sus edificios comenzó en 1996, cuando se devolvió el cuerpo del superior y el de los hermanos, donde se estableció una escuela espiritual. El 6 de octubre de 2005, el Santo Sínodo, encabezado por el Patriarca Alexio II, decidió abrir el monasterio masculino de Spaso-Preobrazhensky en Riazán y reanudar la vida monástica. El nuevo superior fue el ieromonje Ignatios Deputatov. Actualmente, la vida monástica continúa en el edificio histórico junto con el seminario espiritual, y los templos del monasterio han sido devueltos.