Восстановление монастыря началось в 1990-е годы. Священнослужители и прихожане из храмов региона Кавказских Минеральных Вод, а также представители казачества активно участвовали в расчистке территории и строительстве Георгиевского храма. Этот храм был освящён 28 августа 2001 года митрополитом Ставропольским и Владикавказским Гедеоном, что ознаменовало начало новой эпохи в истории Второафонского монастыря.

С апреля 2014 года ведётся строительство величественного главного собора обители в византийском стиле, посвящённого Успению Пресвятой Богородицы. Площадь собора составляет 500 квадратных метров. Стены храма облицованы ракушечником и терракотовым туфом, а их высота достигает 28 метров.