La restauración del monasterio comenzó en la década de 1990. Los clérigos y feligreses de las iglesias de la región de las Aguas Minerales del Cáucaso, así como representantes del cosaco, participaron activamente en la limpieza del territorio y la construcción de la iglesia de San Jorge. Esta iglesia fue consagrada el 28 de agosto de 2001 por el metropolitano de Stavropol y Vladikavkaz, Gedeón, lo que marcó el inicio de una nueva era en la historia del monasterio de Segundo Afón.

Desde abril de 2014, se está construyendo la majestuosa catedral principal de la comunidad en estilo bizantino, dedicada a la Asunción de la Santísima Virgen María. La superficie de la catedral es de 500 metros cuadrados. Las paredes del templo están revestidas de piedra caliza y toba terracota, y su altura alcanza los 28 metros.