К концу XIX века два приходских храма в городе уже не справлялись с потребностями населения. В августе 1891 года Преосвященный Юстин, посетив Курган, записал в своих путевых заметках, что местные жители выразили желание построить кладбищенскую церковь, чтобы к ней приписать деревни, которые ранее относились к Собору и Троицкой церкви, находящейся на капитальном ремонте.

Строительство железной дороги способствовало увеличению населения Кургана. Действующие церкви не могли вместить всех желающих, а причт не успевал проводить необходимые обряды. Курганский исправник И.Я. Трофимов, человек энергичный и образованный, поставил цель добиться строительства новой церкви. В январе 1895 года он рассказал архиепископу Агафангелу о проблеме, и тот предложил организовать сбор средств на строительство храма, сам пожертвовал 100 рублей. В доме Д.И. Смолина сразу же собрали 18 тысяч рублей, благодаря щедрым пожертвованиям купцов и других горожан.

Планировалось, что новая церковь будет построена на кладбище, которое в 1860 году закрыли, предполагая со временем превратить его в сад и построить приходскую церковь. В июле 1895 года городская Дума выбрала место для строительства на Конной площади, чтобы алтарь выходил на кладбище, а корпус церкви, на площадь. Комитет по строительству поручил проектирование городскому архитектору Николаю Александровичу Юшкову, который отправился за консультациями в Петербург и Москву. Проект был готов 2 января 1896 года и утвержден архиепископом 6 марта.

Торжественная закладка храма состоялась 2 июня 1896 года, собрав несколько тысяч зрителей. После крестного хода от Богородице-Рождественского собора, во главе с протоиереем Иоанном Волковым, были проведены служение и закладка. Были выкопаны рвы под фундамент, приготовлены крест под престол и мраморный краеугольный камень с надписями. После молебна освятили воду и елей, окропили место закладки и все предметы. Под местом, где должен был стоять престол, установили крест, заложили камень краеугольный, обложив его кирпичами и замазав известью, в которую положили монеты. Затем обошли рвы и начали священнослужение, после которого все желающие прикладывались к кресту и были окроплены святой водой. Под звон колоколов и пение хоров крестный ход вернулся к собору.

Д.И. Смолин взял на себя обязанности попечителя строительства, щедро финансируя проект. В своем завещании он оговорил окончание постройки храма, поручив наследникам завершить строительство, если собранных средств будет недостаточно. После его смерти заботу о строительстве взял на себя его сын Федор Дмитриевич Смолин. К середине 1901 года здание храма было построено, оставались внутренние работы, устройство пола и установка иконостаса. Федор Дмитриевич содержал хор певчих, который обходился ему до трех тысяч рублей в год. При церкви была открыта школа, где обучались 130 мальчиков.

30 августа 1901 года произошло поднятие крестов на церковь. Внутренние работы велись почти год. 22 июня 1902 года храм освятили, присутствовал епископ Антоний из Тобольска. На строительство было потрачено около 30 тысяч рублей, а на внутреннюю отделку, около 70 тысяч рублей.

Церковь была каменной, оштукатуренной, выкрашенной и расписанной живописью. Крыша была железной, купол и колокольня, цинкованными. Архитектурный стиль сочетал романские и древнерусские черты, измененные творческими поисками архитектора. Оковка храма была выполнена мастером Максимом Ивановичем Рихтером.

После окончания строительства Ф.Д. Смолин стал церковным старостой, содержал хор певчих. В сентябре 1909 года он получил орден Святой Анны III степени. После него старостой стал Иван Яковлевич Трофимов. Службы проводились священниками из Богородице-Рождественского собора. С 25 декабря 1903 года священник Николай Богословский стал отправлять службу в храме. Указом Св. Синода от 16 ноября 1905 года был открыт самостоятельный приход.

Ф.Д. Смолин построил дома для священника и диакона, а также для школы. Псаломщики снимали квартиры или жили в церковном флигеле. Дома проектировал Н.А. Юшков, который также сделал проект пристройки к сеням церкви. Работы были разрешены и закончены в 1913 году.

При церкви находилось закрытое кладбище, захоронения были запрещены, кроме исключений для Дм. Ив. Смолина и его супруги. К приходу были приписаны деревни, железнодорожный поселок и жители города. Количество дворов в приходе колебалось от 582 до 749, а число прихожан, от 3600 до 4600 человек. Пожертвования были важны, так как священнослужители не получали жалованья.

Александровская церковь была закрыта 23 октября 1929 года. Весной 1930 года с нее сняли кресты и колокола, летом разобрали купол и колокольню. Кирпич использовали для строительства Народного дома им. В.И. Ленина.

В здании бывшей церкви пытались разместить музей, но помещения были не приспособлены. В 1951 году здесь открыли экспозицию Курганского областного краеведческого музея, где был популярный планетарий.

В конце 1980-х годов начались хлопоты о возвращении храма. Областной музей поддержал требования, и летом 1989 года здание было передано Русской православной церкви. Первое богослужение прошло 6 декабря 1991 года.

С историей церкви связана площадь, первоначально называвшаяся Кладбищенской, затем Конной, Александровской, а в 1920 году, площадью имени М.С. Урицкого. В 1921 году здесь был воздвигнут первый памятник в Кургане. Сейчас территория бывшей площади и кладбища занята городским садом.