Станислав Теофилович Шацкий родился в 1878 году в селе Воронино Смоленской области в дворянской семье. Он учился в 6-й Московской гимназии, а затем в 1893 году поступил в Московский университет, где сначала обучался на механико-математическом факультете, а затем на медицинском.

Не завершив обучение в университете, Шацкий перевёлся в Петровскую (Тимирязевскую) сельскохозяйственную академию, чтобы изучать агрономию и заниматься педагогикой в духе трудового воспитания детей, как предлагал Л.Н. Толстой. В 1905 году он оставил академию, не завершив её.

С 1899 по 1901 годы Шацкий обучался вокалу в Московской консерватории, но, не закончив её, переключился на педагогическую деятельность.

Шацкий начал свою педагогическую карьеру с попытки открыть частную школу, но получил отказ. В 1905 году он вместе с архитектором А. У. Зеленко и другими педагогами создал первые в России детские клубы для детей рабочих окраин Москвы.

В 1906 году Шацкий основал общество «Сетлемент» («Поселение»), которое в 1908 году было закрыто полицией за социалистическую пропаганду среди детей, а сам он был арестован. С 1910 года он возглавлял общество «Детский труд и отдых», а в 1911 году организовал летнюю детскую колонию «Бодрая жизнь».

В 1917 году Шацкий стал членом Московской городской управы, не будучи депутатом городской думы. С 1919 по 1932 год по предложению А. В. Луначарского он руководил первой опытной станцией по народному образованию. В 1932 и 1934 годах он возглавлял Центральную экспериментальную лабораторию Наркомпроса РСФСР и с 13 февраля 1932 года до своей скоропостижной смерти был директором Московской консерватории.

Станислав Теофилович Шацкий скончался в Москве 30 ноября 1934 года и был похоронен на новом Донском кладбище.