Stanislav Teofilovich Shatsky nació en 1878 en la aldea de Voronino, en la región de Smolensk, en una familia noble. Estudió en el sexto gimnasio de Moscú y luego, en 1893, ingresó a la Universidad de Moscú, donde primero estudió en la facultad de mecánica y matemáticas, y luego en la de medicina.

Sin completar su educación en la universidad, Shatsky se trasladó a la Academia Agrícola de Petrovsk (Timiryazevskaya) para estudiar agronomía y dedicarse a la pedagogía en el espíritu de la educación laboral de los niños, como proponía L.N. Tolstoy. En 1905 dejó la academia sin finalizarla.

Desde 1899 hasta 1901, Shatsky estudió canto en el Conservatorio de Moscú, pero, sin terminarlo, se centró en la actividad pedagógica.

Shatsky comenzó su carrera pedagógica intentando abrir una escuela privada, pero fue rechazado. En 1905, junto con el arquitecto A.U. Zelenko y otros educadores, creó los primeros clubes infantiles en Rusia para los hijos de los trabajadores de los suburbios de Moscú.

En 1906, Shatsky fundó la sociedad "Settlement" ("Asentamiento"), que fue cerrada por la policía en 1908 por propaganda socialista entre los niños, y él mismo fue arrestado. Desde 1910, dirigió la sociedad "Trabajo y descanso infantil", y en 1911 organizó la colonia infantil de verano "Vida Alegre".

En 1917, Shatsky se convirtió en miembro de la administración de la ciudad de Moscú, sin ser diputado de la Duma municipal. Desde 1919 hasta 1932, por propuesta de A.V. Lunacharsky, dirigió la primera estación experimental de educación popular. En 1932 y 1934, encabezó el Laboratorio Central Experimental del Narcompros de la RSFSR y, desde el 13 de febrero de 1932 hasta su repentina muerte, fue director del Conservatorio de Moscú.

Stanislav Teofilovich Shatsky falleció en Moscú el 30 de noviembre de 1934 y fue enterrado en el nuevo cementerio Donskoy.