Stanislaw Theophilowitsch Schatzki wurde 1878 im Dorf Woroniwo in der Oblast Smolensk in eine Adelsfamilie geboren. Er besuchte das 6. Moskauer Gymnasium und trat 1893 in die Moskauer Universität ein, wo er zunächst am mechanisch-mathematischen Fakultät und später an der medizinischen Fakultät studierte.

Ohne das Studium an der Universität abzuschließen, wechselte Schatzki zur Petersburger (Timirjasewski) Landwirtschaftsakademie, um Agronomie zu studieren und sich der Pädagogik im Sinne der arbeitsmäßigen Erziehung von Kindern zu widmen, wie es L.N. Tolstoi vorschlug. 1905 verließ er die Akademie, ohne sie abzuschließen.

Von 1899 bis 1901 studierte Schatzki Gesang am Moskauer Konservatorium, wechselte jedoch, ohne es abzuschließen, zur pädagogischen Tätigkeit.

Schatzki begann seine pädagogische Karriere mit dem Versuch, eine private Schule zu eröffnen, erhielt jedoch eine Absage. 1905 gründete er zusammen mit dem Architekten A. U. Zelenko und anderen Pädagogen die ersten Kinderclubs in Russland für Kinder aus den Arbeitervierteln Moskaus.

1906 gründete Schatzki die Gesellschaft „Settlement“, die 1908 von der Polizei wegen sozialistischer Propaganda unter Kindern geschlossen wurde, und er selbst wurde verhaftet. Ab 1910 leitete er die Gesellschaft „Kinderarbeit und -ruhe“ und organisierte 1911 eine Sommerkolonie für Kinder mit dem Namen „Fröhliches Leben“.

1917 wurde Schatzki Mitglied der Moskauer Stadtverwaltung, ohne Abgeordneter der Stadt-Duma zu sein. Von 1919 bis 1932 leitete er auf Vorschlag von A. V. Lunatscharskij die erste Versuchsstation für Volksbildung. In den Jahren 1932 und 1934 leitete er das Zentrale Experimentallabor des Volkskommissariats der RSFSR und war vom 13. Februar 1932 bis zu seinem plötzlichen Tod Direktor des Moskauer Konservatoriums.

Stanislaw Theophilowitsch Schatzki starb am 30. November 1934 in Moskau und wurde auf dem neuen Don-Friedhof beigesetzt.