Софрониева Пустынь была основана в конце XIX века архимандритом Софронием, когда он был настоятелем Арзамасской Высокогорской Пустыни. Она находилась в одном из лесных участков, принадлежащих монастырю. В архивных записях Высокогорской Пустыни за 1891 год упоминается, что у обители было два лесных участка: Абрамовская дача в 6 верстах и Никольская в 35 верстах от Пустыни. В других документах они обозначены как «ближний» и «дальний» лес. В «дальнем» лесу старец построил небольшой домик. По указу Духовной Консистории от 16 ноября 1907 года архимандрит Софроний ушел на покой с должности настоятеля и с начала 1908 года поселился в лесу. Рядом с ним обосновались четыре послушника, а неподалеку был построен корпус с домовым храмом, где жили 12 девушек, в основном дочери его духовных чад, позже принявшие иночество. 26 июля 1908 года в Пустыни освятили храм в честь Господа нашего Иисуса Христа.

К 2000 году женский скит Валаамского монастыря стал мужским, и женской общине предложили найти новое место. После поисков было решено поселиться в Софрониевой Пустыни, где тогда жили лишь несколько сторожей. Через год после переезда общину постигло испытание: из-за неисправности печных труб произошел пожар, уничтоживший молитвенный дом, использовавшийся как храм. Удалось спасти только Святые Дары, богослужебные сосуды и местночтимую икону «Утоли моя печали». С назначением владыки Георгия община получила благословение на временное, а затем и постоянное проживание. Обители выдали Антиминс для совершения Божественной Литургии, которая началась в обустроенном в сестринском корпусе домовом храме. В неделю Торжества Православия, Великим Постом 2003 года, обитель посетил владыка Георгий с духовенством Нижегородской епархии, мэром и представителями городской Думы Арзамаса. Епископ Георгий совершил Литию на могиле архимандрита Софрония, а вскоре заложили новый храм обители.

Сегодня в пустыни возобновлена монашеская жизнь. Усилиями сестер и молитвами старца Софрония обитель преобразилась: в условиях бездорожья, отсутствия электричества и нехватки средств построены новый храм Иверской иконы Божией Матери, храм-усыпальница над могилой старца, домовый храм Казанской иконы Божией Матери в келейном корпусе, новый келейный корпус и хозяйственные постройки. В селе Ковакса создано подворье Софрониевой пустыни.