La Désert de Sofronie a été fondée à la fin du XIXe siècle par l'archimandrite Sofronie, lorsqu'il était le supérieur de la Désert de Haute Montagne d'Arzamas. Elle se trouvait dans l'une des parcelles forestières appartenant au monastère. Dans les archives de la Désert de Haute Montagne de 1891, il est mentionné que la communauté avait deux parcelles forestières : la datcha d'Abramov à 6 verstes et la datcha de Nikolsky à 35 verstes de la Désert. Dans d'autres documents, elles sont désignées comme la forêt « proche » et la forêt « lointaine ». Dans la forêt « lointaine », le vieux moine a construit une petite maison. Par décret de la Consistoire Spirituelle du 16 novembre 1907, l'archimandrite Sofronie a pris sa retraite de son poste de supérieur et, au début de 1908, s'est installé dans la forêt. À ses côtés, quatre novices se sont établis, et à proximité, un bâtiment avec une église domestique a été construit, où vivaient 12 jeunes filles, principalement des filles de ses enfants spirituels, qui ont ensuite pris le voile. Le 26 juillet 1908, une église a été consacrée dans la Désert en l'honneur de notre Seigneur Jésus-Christ.

D'ici 2000, le skit féminin du monastère de Valaam est devenu masculin, et à la communauté féminine a été proposé de trouver un nouvel endroit. Après des recherches, il a été décidé de s'installer dans la Désert de Sofronie, où vivaient alors seulement quelques gardiens. Un an après le déménagement, la communauté a subi une épreuve : en raison d'un défaut des conduits de cheminée, un incendie a détruit la maison de prière, utilisée comme église. Seules les Saintes Dons, les vases liturgiques et l'icône vénérée localement « Soulage mes peines » ont pu être sauvés. Avec la nomination de l'évêque Georgy, la communauté a reçu la bénédiction pour un séjour temporaire, puis permanent. À la communauté a été délivré un Antimins pour célébrer la Divine Liturgie, qui a commencé dans l'église domestique aménagée dans le bâtiment des sœurs. Lors de la semaine de la Triomphe de l'Orthodoxie, pendant le Grand Carême de 2003, l'évêque Georgy a visité la communauté avec le clergé de l'Éparchie de Nijni Novgorod, le maire et des représentants de la Douma de la ville d'Arzamas. L'évêque Georgy a célébré une Liturgie sur la tombe de l'archimandrite Sofronie, et peu après, une nouvelle église a été fondée dans la communauté.

Aujourd'hui, la vie monastique a été renouvelée dans la désert. Grâce aux efforts des sœurs et aux prières du vieux moine Sofronie, la communauté a été transformée : dans des conditions de mauvais chemins, d'absence d'électricité et de manque de fonds, une nouvelle église de l'icône de la Mère de Dieu de Iver a été construite, une église-tombeau au-dessus de la tombe du vieux moine, une église domestique de l'icône de la Mère de Dieu de Kazan dans le bâtiment des cellules, un nouveau bâtiment de cellules et des constructions économiques. Dans le village de Kovaksa, une dépendance de la Désert de Sofronie a été créée.