El Desierto Sofroniev fue fundado a finales del siglo XIX por el archimandrita Sofronio, cuando era el superior del Desierto Alto de Arzamás. Se encontraba en una de las parcelas forestales pertenecientes al monasterio. En los registros archivísticos del Desierto Alto de 1891 se menciona que la comunidad tenía dos parcelas forestales: la dacha de Abramov a 6 verstas y la de Nikolskaya a 35 verstas del Desierto. En otros documentos se les designa como "bosque cercano" y "bosque lejano". En el "bosque lejano", el anciano construyó una pequeña cabaña. Por decreto de la Consistoría Espiritual del 16 de noviembre de 1907, el archimandrita Sofronio se retiró de su cargo de superior y a principios de 1908 se estableció en el bosque. Junto a él se asentaron cuatro novicios, y cerca se construyó un edificio con una iglesia doméstica, donde vivían 12 chicas, principalmente hijas de sus hijos espirituales, que más tarde tomaron el monacato. El 26 de julio de 1908, se consagró una iglesia en el Desierto en honor a nuestro Señor Jesucristo.

Para el año 2000, la Skete del Monasterio de Valaam se convirtió en masculina, y a la comunidad femenina se le sugirió encontrar un nuevo lugar. Después de buscar, se decidió establecerse en el Desierto Sofroniev, donde entonces solo vivían algunos vigilantes. Un año después de la mudanza, la comunidad enfrentó una prueba: debido a un fallo en las chimeneas, se produjo un incendio que destruyó la casa de oración, utilizada como iglesia. Solo se pudieron salvar las Sagradas Ofertas, los vasos litúrgicos y el ícono localmente venerado "Alivia mis penas". Con la designación del obispo Georgiy, la comunidad recibió la bendición para residir temporalmente y luego de forma permanente. A la comunidad se le otorgó un Antimis para la celebración de la Divina Liturgia, que comenzó en la iglesia doméstica acondicionada en el edificio de las hermanas. En la semana de la Fiesta de la Ortodoxia, durante la Gran Cuaresma de 2003, el obispo Georgiy visitó la comunidad con el clero de la diócesis de Nizhni Nóvgorod, el alcalde y representantes de la Duma de la ciudad de Arzamás. El obispo Georgiy realizó una Liturgia en la tumba del archimandrita Sofronio, y poco después se colocó la primera piedra de una nueva iglesia en la comunidad.

Hoy en el desierto se ha reanudado la vida monástica. Gracias a los esfuerzos de las hermanas y las oraciones del anciano Sofronio, la comunidad se ha transformado: en condiciones de caminos difíciles, falta de electricidad y escasez de fondos, se han construido una nueva iglesia en honor a la imagen de la Madre de Dios de Iver, una iglesia-tumba sobre la tumba del anciano, una iglesia doméstica en honor a la imagen de la Madre de Dios de Kazán en el edificio de las celdas, un nuevo edificio de celdas y construcciones económicas. En el pueblo de Kovaksa se ha creado una dependencia del Desierto Sofroniev.