Монастырь был основан в 1689 году, а в 1794 году его перенесли за пределы города. Здесь хоронили самых влиятельных жителей Пензы. Монастырь был официально закрыт в 1918 году, а приблизительно в 1935 году его снесли. В 1919-1921 годах на его территории разместилась «колония дефективных детей», а с 1924 года здесь организовали конный обоз для вывоза нечистот. Часть помещений использовали под конюшни и квартиры рабочих. Однако монашеская жизнь продолжалась до ареста последнего настоятеля, архимандрита Иоанникия (Жаркова), в 1932 году.

В 1928-1929 годах службы в монастырских храмах проводили архимандрит Иоаникий и иеромонахи Евфимий (Милованов) и Макарий (Матюхин), позже к ним присоединились Нектарий и Сергий (Соловьев). Основные службы проходили в Спасо-Преображенской церкви, но также использовались Вознесенская, Вифлиемская и колокольня. В 1929 году один из храмов стал «сушилкой», другой разобрали к 1932 году, а еще один передали под школу в 1931 году. Спасо-Преображенский собор закрыли в 1934 году. В 1931 году монастырское хозяйство передали «Продуктпереработке» для огородного совхоза. В апреле 1933 года было принято решение о сносе оставшихся построек для строительства электростанции, и к маю 1934 года территория была освобождена. Архимандрит Иоаникий был арестован в 1932 году и приговорен к трем годам заключения, позже он жил в Моршанске, где в 1937 году был арестован повторно и расстрелян.

Уничтожение монастырского некрополя началось вскоре после революции. В 1925 году кладбище официально закрыли, а в 1940-60-х годах все надгробия вывезли, зарыли в траншеях или использовали для изготовления поделок. В 1950-е годы, когда начали строить новые здания, сваи проваливались в могильные склепы. Тогда с помощью техники расчистили пространство под котлован, а полуистлевшие гробы вывезли в болотистое место. В остатках захоронений находили кресты, иконы и драгоценности. Дольше всего простояли монастырская каланча и стена, которые окончательно разрушили в середине 1970-х годов при строительстве административного здания.

Территорию монастыря постепенно заняли различные организации, включая автобазу МЧС и корпус Кузнецкого мебельного комбината. В 2002 году в этом корпусе разместилась архитектурно-творческая мастерская «Дабор», занимающаяся строительством храмов. Ее руководитель, архитектор Дмитрий Александрович Борунов, решил в память об уничтоженной обители устроить здесь Вознесенский молитвенный дом. В 2005 году здесь прошла первая литургия. В 2006 году были обнаружены надгробия А.Н. Арапова, Д.К. Гевлича, М.А. Сабуровой и Загоскиных, которые перенесли на территорию мастерской «Дабор».