В 1707 году, согласно документу из государственного архива древних актов, Петр I издал указ о строительстве в подходящем месте госпиталя для лечения больных. Это распоряжение привело к открытию в России первой государственной лечебницы.

Организацию работы госпиталя, который начал функционировать в 1706 году в Лефортово, старейшем районе Москвы, возглавил Николай Ламбертович Бидлоо. Голландский врач был придворным доктором Петра I и впоследствии стал главным врачом Лефортовского госпиталя, занимая этот пост до конца своей жизни.

Изначально на территории лечебного комплекса находилось деревянное здание с небольшой церковью. В других постройках разместились лаборатории, палаты, комнаты для студентов-практикантов, анатомический театр и другие помещения. Рядом располагался сад, где сотрудники выращивали лекарственные травы.

В 1712 году из госпитальной школы, которая позже стала Медико-хирургической академией, выпустились первые дипломированные врачи.

Центральное каменное здание больницы было построено в период с 1798 по 1802 годы по проекту архитектора Ивана Еготова. Позже к нему добавились еще четыре корпуса, в которых к XX веку насчитывалось 22 отделения.

Лефортовский госпиталь за свою историю спас множество жизней, особенно в периоды войн, таких как Отечественная война 1812 года, русско-японская и Первая мировая войны. Врачи работали в напряженном режиме, ежедневно принимая сотни раненых. Во время Великой Отечественной войны через госпиталь прошло около четырех миллионов человек.

Этот успех принес лечебнице новое название, Главный военный госпиталь Красной армии. За свою историю он сменил почти десять наименований. В 1946 году госпиталю было присвоено имя академика Николая Ниловича Бурденко, основоположника советской нейрохирургии.

Сегодня это крупнейшее в стране военное медицинское учреждение, включающее 119 подразделений и 19 лечебно-диагностических центров, где работают около 400 специалистов.