En 1707, según un documento del archivo estatal de actos antiguos, Pedro I emitió un decreto para la construcción de un hospital en un lugar adecuado para el tratamiento de enfermos. Esta disposición llevó a la apertura del primer centro médico estatal en Rusia.

La organización del trabajo del hospital, que comenzó a funcionar en 1706 en Lefortovo, el barrio más antiguo de Moscú, fue liderada por Nikolai Lambertovich Bidloo. El médico holandés era el médico de la corte de Pedro I y posteriormente se convirtió en el médico jefe del hospital de Lefortovo, ocupando este cargo hasta el final de su vida.

Inicialmente, en el territorio del complejo médico había un edificio de madera con una pequeña iglesia. En otros edificios se ubicaron laboratorios, salas, habitaciones para estudiantes en prácticas, un teatro anatómico y otros espacios. Cerca había un jardín donde el personal cultivaba hierbas medicinales.

En 1712, de la escuela del hospital, que más tarde se convirtió en la Academia Médico-Quirúrgica, se graduaron los primeros médicos diplomados.

El edificio central de piedra del hospital fue construido entre 1798 y 1802 según el proyecto del arquitecto Ivan Yegotov. Posteriormente, se añadieron otros cuatro cuerpos, en los que para el siglo XX había 22 departamentos.

El hospital de Lefortovo ha salvado muchas vidas a lo largo de su historia, especialmente en períodos de guerra, como la Guerra Patriótica de 1812, la guerra ruso-japonesa y la Primera Guerra Mundial. Los médicos trabajaban en un régimen de alta tensión, atendiendo diariamente a cientos de heridos. Durante la Gran Guerra Patria, alrededor de cuatro millones de personas pasaron por el hospital.

Este éxito le dio al centro médico un nuevo nombre, el Hospital Militar Principal del Ejército Rojo. A lo largo de su historia, ha cambiado de nombre casi diez veces. En 1946, el hospital recibió el nombre del académico Nikolai Nilovich Burdenko, fundador de la neurocirugía soviética.

Hoy en día, es la mayor institución médica militar del país, que incluye 119 divisiones y 19 centros de diagnóstico y tratamiento, donde trabajan alrededor de 400 especialistas.