Im Jahr 1707 erließ Peter I. gemäß einem Dokument aus dem Staatsarchiv antiker Akten einen Befehl zum Bau eines Krankenhauses an einem geeigneten Ort zur Behandlung von Kranken. Diese Anordnung führte zur Eröffnung des ersten staatlichen Krankenhauses in Russland.

Die Organisation der Arbeit des Krankenhauses, das 1706 in Lefortovo, dem ältesten Stadtteil Moskaus, in Betrieb ging, wurde von Nikolai Lambertovich Bidloo geleitet. Der holländische Arzt war der Hofarzt von Peter I. und wurde später Chefarzt des Lefortovo-Krankenhauses, ein Amt, das er bis zu seinem Lebensende innehatte.

Ursprünglich befand sich auf dem Gelände des Gesundheitskomplexes ein Holzgebäude mit einer kleinen Kirche. In anderen Gebäuden waren Labore, Stationen, Zimmer für Praktikanten, ein anatomisches Theater und andere Räumlichkeiten untergebracht. Nebenan gab es einen Garten, in dem die Mitarbeiter Heilkräuter anbauten.

Im Jahr 1712 schlossen die ersten diplomierten Ärzte die Krankenhaus-Schule ab, die später zur Medizinisch-Chirurgischen Akademie wurde.

Das zentrale Steingebäude des Krankenhauses wurde zwischen 1798 und 1802 nach den Plänen des Architekten Ivan Yegotov erbaut. Später wurden vier weitere Gebäude hinzugefügt, in denen bis zum 20. Jahrhundert 22 Abteilungen untergebracht waren.

Das Lefortovo-Krankenhaus hat im Laufe seiner Geschichte viele Leben gerettet, insbesondere in Kriegszeiten wie dem Vaterländischen Krieg von 1812, dem Russisch-Japanischen Krieg und dem Ersten Weltkrieg. Die Ärzte arbeiteten unter Hochdruck und behandelten täglich Hunderte von Verwundeten. Während des Großen Vaterländischen Krieges durchliefen etwa vier Millionen Menschen das Krankenhaus.

Dieser Erfolg brachte der Einrichtung einen neuen Namen, das Hauptmilitärkrankenhaus der Roten Armee. Im Laufe seiner Geschichte trug es fast zehn verschiedene Namen. Im Jahr 1946 wurde das Krankenhaus nach dem Akademiker Nikolai Nilovich Burdenko benannt, dem Begründer der sowjetischen Neurochirurgie.

Heute ist es die größte militärmedizinische Einrichtung des Landes mit 119 Abteilungen und 19 medizinisch-diagnostischen Zentren, in denen etwa 400 Fachkräfte arbeiten.