Мемориальный флигель усадьбы В.Э. Борисова-Мусатова открыл двери в апреле 2000 года. Идея создания музея в доме на Вольской 33 в Саратове, где жил художник, возникла еще в 1922 году. Эту инициативу предложила его сестра Агриппина Эльпидифоровна Немирова, в девичестве Мусатова.

Флигель и двухэтажный дом, составляющие городскую усадьбу Борисова-Мусатова, были в середине 1920-х годов включены в список памятников истории и культуры Саратовской губернии. Это сделали краеведы и сотрудники музея имени А.Н. Радищева, а также инспекторы по охране памятников А.В. и В.В. Леонтьевы. Благодаря им сохранились фотографии флигеля с 1920-х до начала 1950-х годов. Однако в 1930-е годы имя художника было официально забыто, а его творчество названо «буржуазным и декадентским». Долгое время создание музея было невозможно, и в бывшей усадьбе Борисова-Мусатова находились коммунальные квартиры. Лишь чудом сохранился небольшой деревянный флигель.

В 1930-е годы началось строительство крупной мебельной фабрики, стены которой подошли вплотную к флигелю, уничтожив старую застройку и сад. В период «оттепели» имя Мусатова вновь стало популярным, и интерес к его личности и творчеству возрос. В 1970 году отмечалось 100-летие со дня его рождения, а в 1973 году в Москве и Саратове прошли крупные выставки его работ. Улица Белоглинская в Саратове была переименована в честь В.Э. Борисова-Мусатова. Однако вопрос о создании музея так и не поднимался. В 1979 году в Приволжском книжном издательстве вышла книга Константина Шилова «Мои краски, напевы», посвященная жизни и творчеству художника. Благодаря активной деятельности писателя флигель, который к тому времени стал совсем ветхим, удалось спасти от сноса.