9 июля 1932 года Президиум Уральского облисполкома постановил создать окружной музей в новообразованном Остяко-Вогульском национальном округе, в городе Остяко-Вогульске (ныне Ханты-Мансийск). Для музея было решено выделить экспонаты и материалы из Тобольского музея, которые имеют отношение к новому учреждению, в рамках плана по хозяйственному и культурному развитию.

1 июля 1934 года на должность научного сотрудника по организации музея был назначен Иван Андреевич Шабалин. 15 октября 1934 года вышло постановление о развертывании работы окружного музея, подчеркивающее его важное научно-политическое значение.

В конце 1935 года музею предоставили помещение, старый барак рыбтреста на улице Комсомольская, 9, где также разместилась детская библиотека. Хотя помещение было темным и сырым, 4 ноября 1936 года музей открылся для посетителей. Экспозиция включала восемь разделов, отражающих политическую историю, природные богатства и экономику округа, а также быт народов ханты и манси.

Основу экспозиции составили экспонаты юбилейной выставки, посвященной пятилетию округа. Экспонаты поступали в музей различными способами: их приобретали, получали в дар или передавали из кабинетов окружного отдела НКВД и Березовского райисполкома после Казымского восстания и репрессий 1937 года.

Иван Андреевич Шабалин, основатель и первый директор музея, был отстранен от должности 20 февраля 1936 года, арестован 8 июля 1937 года и расстрелян 12 августа 1937 года в Тобольске. Он был реабилитирован 6 июня 1989 года.

С 1934 по 1952 год музей возглавляли энтузиасты своего дела: И. А. Шабалин, В. С. Денисенко, С. П. Лифшиц, М. А. Камкова, М. А. Воскобойников, П. Г. Иваницкий, В. П. Гаврин.

Следующий этап в истории музея связан с Юлией Сергеевной Липчинской и Аркадием Николаевичем Лоскутовым, которые руководили музеем с 1952 по 1981 год. В конце 1950-х и начале 1960-х годов музей стремился вернуть себе статус научного учреждения. В 1955 году в штат были приняты научные сотрудники, что позволило активизировать выставочную работу и организовать экспедиции. В 1956 году была проведена комплексная экспедиция по изучению природных условий и культуры хантов.

1 февраля 1960 года музей закрыли на реконструкцию. В течение года было построено новое здание, которое открылось для посетителей в 1962 году. Аркадий Николаевич Лоскутов, став директором в 1964 году, расширил просветительскую работу музея, организовал выезды сотрудников и передвижной музей на теплоходе.

С 1981 по 1986 год велось строительство нового здания музея, а с 1986 по 1991 год создавалась новая экспозиция. 1 декабря 1991 года она была открыта для посетителей, представляя природные богатства и культуру народов округа.

Последний этап в истории музея начался с преобразования его в «Музей природы и человека». Это привело к реконструкции и достижению нового уровня развития. Музей стал одним из самых современных в России, с уникальными экспозициями и обширными фондами.

К своему 80-летнему юбилею Музей Природы и Человека подошел обновленным и оснащенным, продолжая свою миссию по изучению и сохранению наследия Ханты-Мансийского автономного округа, Югры.