Муромский монастырь находится на восточном берегу Онежского озера, на узкой полосе земли шириной около километра, между двумя озерами: большим Онежским и малым Муромским. С одной стороны эту полосу ограничивает протока, соединяющая оба озера, а с другой, топкие лесные болота, поэтому добраться до монастыря можно только по воде. Когда-то через болото была дорога, но она разрушилась со временем. Пешком можно пройти с трудом, но проехать невозможно, что усложняет восстановление монастыря.

Монастырь был основан в XIV веке после чудесного явления новгородского епископа Василия преподобному. Святой поручил устроить обитель византийскому монаху авве Лазарю, который выбрал это место для сурового подвижничества. Преподобный Лазарь, грек из Константинополя, принял иночество от старца Афанасия Дискота. В 1342 году епископ Василий отправил Лазаря, как знатока иконописи, к новгородскому святителю Василию, чтобы тот сделал список с иконы Софии, Премудрости Божией, и составил список новгородских церквей и монастырей. Встретив Лазаря, святитель Василий благословил его остаться в монастыре. Лазарь служил Василию десять лет и после его смерти отправился, как велел духовный отец, на север, к острову Мучь на озере Онего.

Лазарь был старшим современником Сергия Радонежского и умер 21 марта 1391 года в возрасте 105 лет. Он претерпел много трудностей от племен Прионежья, пока монастырь не стал оплотом Православия на севере.

При жизни Лазаря иноки из Киева построили первую церковь Поморья во имя Успения Пречистой Богородицы Печерской. Затем была возведена церковь Рождества Иоанна Предтечи с трапезной. Церковь Воскрешения Лазаря, построенная в 1390 году, оказалась на кладбище. Лазарь был погребен у алтаря Предтеченского храма, его мощи находятся там и сейчас.

Над древней церковью Воскрешения Лазаря был построен деревянный храм, служба в котором совершалась раз в год, в Лазареву субботу.

В 1786 году монастырь стал женским, а в 1787 году был упразднен. Его восстановили в 1867 году, учрежден дом для престарелых и убогих. Возрождение связано с жертвователем Малокрошечным, внесшим 12 тыс. руб.

В монастыре были каменные церкви Успения Богородицы, Всех Святых, деревянная церковь Богоявления Господня, храм свт. Николая, церковь Воскрешения Лазаря, часовни прп. Лазаря и Афанасия Муромского. Монастырь окружала каменная ограда, он владел пахотной землей.

После установления советской власти имущество монастыря конфисковали, на его территории проводились курсы сельхозинструкторов, жилые помещения отдали рабочим леспромхоза. В 1919 году была организована сельхозкоммуна им. Троцкого, закрытая в 1930 году. После 1945 года здесь был дом инвалидов, с середины 1960-х годов место запустело.

Долгое время церковь Воскрешения Лазаря была заброшена. В 1954 году архитектор А.В. Ополовников сделал проект реставрации храма. В 1959 году церковь разобрали и перевезли в Кижи, где она стала "жемчужиной экспозиции" и вошла в список музейных реликвий.

Возрождение монастыря началось в январе 1991 года. К концу XX века сохранились белокаменные стены Успенского собора, остов церкви Всех Святых, разрушенный братский корпус. Сейчас восстановлены братский корпус, зимняя церковь свт. Николая, трапезная, кельи. Защитная часовня над Лазаревской церковью перестроена в летний храм, отреставрирована колокольня. Монастырь остается местом строгой уединенной жизни.