Село Лобановка, как и Истопки, Ропск и Сачковичи, по данным Святителя Филарета (Гумилевского), Архиепископа Черниговского и Нежинского, является одним из древнейших поселений Новозыбковского уезда Черниговской губернии, ныне находящегося в Климовском районе Брянской области.

Деревянный храм во имя Святой Троицы в Лобановке впервые упоминается в архивных документах 1793 года. По рассказам местных жителей, в XIX веке рядом с храмом была построена кирпичная колокольня. В 1856 году храм был обновлен. 4 марта 1930 года Климовский районный исполнительный комитет принял решение о закрытии храма, однако точная дата его закрытия неизвестна. В Государственном архиве Брянской области хранится протокол заседания Климовского РИК от 4 марта 1930 года, в котором содержится ходатайство Лобановского сельсовета об отчуждении церкви и передаче ее колхозу «Новый Быт» для использования под семенной амбар. В 1937 году священник Пантелеимон Игнатенко, проживавший в Лобановке, был арестован и расстрелян. В 1948-49 годах храм и колокольню разрушили, а из их кирпичей построили сельский клуб.

В 1998 году в селе была создана православная община. Местная администрация передала приходу небольшое кирпичное здание, где благодаря усилиям священника Александра Маркина был устроен храм.

Осенью 2008 года в храм провели природный газ и установили отопление. Летом 2009 года был проведен капитальный ремонт внутри здания, а на стенах развешены иконы в новых киотах. В 2011 году кровлю храма полностью заменили и установили металлический крест.