Мария-Магдалиновская пустынь была основана в 1849 году по инициативе наказного атамана Г. А. Рашпиля. Название монастырь получил в честь великой августейшей супруги наследника престола Марии и святой равноапостольской Марии Магдалины. Он находился в излучине реки Кирпили между станицами Роговской и Тимашевской. К началу XX века пустынь из небольшой обители превратилась в третьеклассный монастырь. В это время она владела 840 десятинами земли, а в 14 каменных и саманных корпусах проживало около 600 человек. В монастыре были свой кирпичный завод, две торговые лавки, ветряная мельница и два странноприемных дома, отделение Кубанского женского исправительного приюта и церковно-приходское училище для детей казаков. После революции 1917 года пустынь была закрыта, а имущество передано местной коммуне.

Только 4 августа 1995 года был проведен молебен в честь возрождения Мария-Магдалиновской пустыни, и место было освящено. Настоятельницей монастыря стала старшая игуменья Севастиана (в миру М. Лебедева). Новый монастырь расположен в станице Роговской, в 7 км от прежнего места, и занимает площадь в 3 га. В 1997 году митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор освятил небольшой летний храм в честь Марии Магдалины. Среди послушниц монастыря есть бывшая ткачиха, работница культуры, штукатур и выпускница школы. Устав строгий, и принимают сюда только тех, кто способен выдержать тяготы монашеской жизни.