La désert de Marie-Madeleine a été fondée en 1849 à l'initiative de l'ataman G. A. Rachpil. Le monastère a été nommé en l'honneur de la grande épouse augustée de l'héritier du trône Marie et de la sainte égale-apôtre Marie Madeleine. Il était situé dans un méandre de la rivière Kirpili entre les stanitsas de Rogovskaïa et Timashevskaïa. Au début du XXe siècle, la désert est passée d'une petite communauté à un monastère de troisième classe. À cette époque, il possédait 840 dessiatines de terre, et environ 600 personnes vivaient dans 14 bâtiments en pierre et en torchis. Le monastère avait sa propre briqueterie, deux magasins, un moulin à vent et deux maisons d'hôtes, une section de l'orphelinat féminin de Kouban et une école paroissiale pour les enfants cosaques. Après la révolution de 1917, la désert a été fermée et les biens ont été transférés à la commune locale.

Ce n'est que le 4 août 1995 qu'une prière a été célébrée en l'honneur de la renaissance de la désert de Marie-Madeleine, et le lieu a été consacré. La supérieure du monastère est devenue la mère supérieure Sébastiana (dans le monde M. Lebedeva). Le nouveau monastère est situé dans la stanitsa de Rogovskaïa, à 7 km de l'ancien emplacement, et occupe une superficie de 3 ha. En 1997, l'archevêque d'Ekaterinodar et de Kouban Isidore a consacré une petite église d'été en l'honneur de Marie Madeleine. Parmi les sœurs du monastère, il y a une ancienne tisseuse, une travailleuse culturelle, un plâtrier et une diplômée d'école. La règle est stricte, et seules les personnes capables de supporter les rigueurs de la vie monastique sont acceptées.