В 1390-х годах, предположительно, преподобный Макарий Унженский и Желтоводский чудотворец, инок Печерского Нижегородского монастыря, основал мужскую обитель, названную в честь Богоявления Господня и известную как Макарьевская пустынь. По преданию, святой Макарий и его ученики выкопали под горой колодец с целебной водой. В начале XVII века, во время Русско-польской войны, монастырь был разрушен, но позже восстановлен при царе Михаиле Фёдоровиче. В монастыре был деревянный храм в честь Святой Живоначальной Троицы. В середине XVIII века в селе Нагорном на средства прихожан были построены однопрестольные приходские храмы: летний пятиглавый храм Воскресения Христова и зимний храм Николая Чудотворца. Комплекс включал восьмигранную столпообразную колокольню с высоким шатром, характерную для костромского типа, основание которой служило притвором храма Воскресения. При церквях находилось кладбище. Храмовый комплекс является примером позднего использования допетровских архитектурных форм в XVIII веке. В 1764 году монастырь стал заштатным и оказался в бедственном положении. В 1767 году вместо обветшавшего деревянного храма Святой Троицы был построен зимний каменный храм с шатровой колокольней, украшенный живописью и резными Царскими вратами. В храме было три престола: в честь Животворящей Троицы, преподобного Макария Желтоводского и великомученицы Екатерины. Здесь хранились древние иконы. В 1833 году монастырь был обнесён каменной оградой с пятью башенками. Он пережил бурю 1844 года и пожары 1854 и 1855 годов, но снова оказался в бедственном положении. В 1900 году в монастырь поступила Мария Смертина, будущая преподобная Анимаиса Острецовская и Родниковская, которая приняла здесь монашеский постриг. В 1901 году монастырь был преобразован в женский, началось его воссоздание. Наиболее почитаемыми были образ преподобного Макария и Казанская икона Божией Матери. 25 июля 1911 года был заложен храм во имя Казанской иконы Божией Матери, но его строительство прервали революционные события. После 1917 года монастырь функционировал как женская сельскохозяйственная артель и был закрыт в конце 1920-х годов. 13 марта 1929 года имущество монастыря передали приходскому храму Рождества Христова в селе Решма. В 1940 году закрыли последний действующий храм. Храм Святой Троицы и новый Казанский, а также некоторые монастырские строения, были разобраны в 1940-е годы. Колокольня и ограда были уничтожены во время войны. Позднее на месте Троицкого храма построили школу, а в бывших двухэтажных кельях разместился учебный корпус школы-интерната. Приходской храм Воскресения был превращён в руины в советское время. В 1991 году в Решме открылся уцелевший приходской храм Николая Чудотворца, и был образован Свято-Никольский приход. В 1992 году в храм приехали насельники из Киево-Печерской лавры, и началось возрождение монашеской жизни. В 1994 году Свято-Никольский приход преобразовали в Макариев-Решемскую монашескую общину, а в 1998 году, в мужской монастырь. Позднее монастырь снова стал женским.

При монастыре ведётся просветительская работа, действует Православная школа имени преподобного Иоанна Кронштадтского, издаётся альманах «Свет православия», читаются лекции, насельники изучают литургику и православную педагогику. В монастыре хранятся частицы мощей преподобного Макария Желтоводского и других святых.