En los años 1390, se presume que el venerable Macario de Unzhensky y el milagroso de Zheltovodsk, monje del monasterio de Pechersk en Nizhny Novgorod, fundó una comunidad masculina, llamada en honor a la Epifanía del Señor y conocida como el desierto de Makariyev. Según la tradición, el santo Macario y sus discípulos cavaron un pozo con agua curativa bajo la montaña. A principios del siglo XVII, durante la guerra ruso-polaca, el monasterio fue destruido, pero más tarde fue restaurado bajo el zar Mikhail Fedorovich. En el monasterio había un templo de madera en honor a la Santa Trinidad Vivificante. A mediados del siglo XVIII, en la aldea de Nagorny, con los fondos de los feligreses, se construyeron templos parroquiales de una sola nave: un templo de verano de cinco cúpulas en honor a la Resurrección de Cristo y un templo de invierno en honor a San Nicolás el Milagroso. El complejo incluía un campanario octogonal con un alto techo, característico del tipo de Kostroma, cuya base servía como nártex del templo de la Resurrección. Junto a las iglesias había un cementerio. El complejo del templo es un ejemplo del uso tardío de formas arquitectónicas pre-peterianas en el siglo XVIII. En 1764, el monasterio se convirtió en un monasterio de segunda categoría y se encontró en una situación precaria. En 1767, en lugar del viejo templo de madera de la Santa Trinidad, se construyó un templo de invierno de piedra con un campanario de techo a cuatro aguas, decorado con pinturas y puertas reales talladas. En el templo había tres altares: en honor a la Trinidad Vivificante, el venerable Macario de Zheltovodsk y la gran mártir Catalina. Aquí se guardaban antiguas íconos. En 1833, el monasterio fue rodeado por un muro de piedra con cinco torres. Sobrevivió a la tormenta de 1844 y a los incendios de 1854 y 1855, pero nuevamente se encontró en una situación precaria. En 1900, ingresó al monasterio María Smertina, futura venerable Animaisa de Ostretsov y Rodnikovskaya, quien tomó aquí el hábito monástico. En 1901, el monasterio fue transformado en femenino y comenzó su recreación. Las imágenes más veneradas eran la del venerable Macario y la ícono de Kazán de la Madre de Dios. El 25 de julio de 1911 se colocó la primera piedra de un templo en honor a la ícono de Kazán de la Madre de Dios, pero su construcción fue interrumpida por los eventos revolucionarios. Después de 1917, el monasterio funcionó como una cooperativa agrícola femenina y fue cerrado a finales de los años 1920. El 13 de marzo de 1929, los bienes del monasterio fueron transferidos a la iglesia parroquial de la Natividad de Cristo en la aldea de Reshma. En 1940 se cerró el último templo en funcionamiento. El templo de la Santa Trinidad y el nuevo de Kazán, así como algunos edificios monásticos, fueron desmantelados en los años 1940. El campanario y el muro fueron destruidos durante la guerra. Posteriormente, en el lugar del templo de la Trinidad se construyó una escuela, y en las antiguas celdas de dos pisos se ubicó el edificio escolar de un internado. La iglesia parroquial de la Resurrección fue convertida en ruinas durante la época soviética. En 1991, se abrió en Reshma la iglesia parroquial sobreviviente de San Nicolás el Milagroso, y se formó la parroquia de San Nicolás. En 1992, llegaron al templo monjes de la Lavra de Kiev-Pechersk, y comenzó el renacimiento de la vida monástica. En 1994, la parroquia de San Nicolás fue transformada en la comunidad monástica de Makariyev-Reshem, y en 1998, en un monasterio masculino. Posteriormente, el monasterio volvió a ser femenino.

En el monasterio se lleva a cabo trabajo educativo, funciona la Escuela Ortodoxa en honor al venerable Juan de Kronstadt, se publica el almanaque "Luz de la ortodoxia", se imparten conferencias, y los monjes estudian liturgia y pedagogía ortodoxa. En el monasterio se guardan partes de las reliquias del venerable Macario de Zheltovodsk y otros santos.