Лютеранская церковь Святой Марии Магдалины расположена в Воронеже на улице Карла Маркса, 65 и принадлежит к Евангелическо-Лютеранской церкви Аугсбургского исповедания.

Протестантские общины начали формироваться в Воронеже в начале XVIII века, когда Пётр I пригласил сюда иностранцев для строительства флота. В конце XVIII века, по указу Екатерины II, в Воронежскую губернию переселились немецкие иммигранты, основавшие поселение Рибенсдорф. Некоторые из них обосновались в Воронеже, и в 1811 году было принято решение о строительстве церкви.

Проект здания в стиле ампир разработал губернский архитектор Ф. К. Древиц. Церковь была освящена 12 сентября 1819 года пастором Аллендорфом из Рибенсдорфа. В 1822 году он переехал в Тамбов, но продолжал приезжать в Воронеж дважды в год до 1825 года для проведения служб. 23 февраля 1825 года на должность пастора в Рибенсдорфе был назначен Самуил Якоб Геллер из Сарепты, который до 1864 года приезжал в Воронеж до девяти раз в год для служения в кирхе Св. Марии Магдалины. После его смерти 4 мая 1864 года пастором Воронежских немцев-протестантов стал курский пастор Вихерт, который приезжал до июня 1865 года. С этого времени Воронежская община отделилась от Рибенсдорфской и получила собственного пастора. Воронежский приход охватывал все уезды губернии, кроме Острогожского.

В 1854 году здание церкви было перестроено, а в 1869, 1882 и 1897 годах проведён капитальный ремонт.

Семья Столлей активно участвовала в жизни общины. Городовой врач Герман Фридрихович Столль в течение 30 лет возглавлял совет кирхи. На средства семьи была организована богадельня «Столлевское убежище».

В 1938 году община была ликвидирована. В это время в здании арестовали баптистского проповедника, который позже был расстрелян. С 1943 года здание использовалось Горэлектросетью.

В 2008 году здание вернули лютеранской общине, входящей в Евангелическо-Лютеранскую церковь Аугсбургского исповедания, и 20 апреля 2008 года оно было освящено пастором Анатолием Малаховым и представителем ЕЛЦАИ Константином Андреевым. После ремонта здание используется для регулярных евангелических богослужений.

В 2015 году настоятель храма, священник Анатолий Малахов, стал епископом Южного церковного округа ЕЛЦАИ, а кирха Святой Марии Магдалины получила статус кафедрального собора.