Монастырь, названный в честь святителей Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских, выделяется двумя уникальными чертами: он является самым последним по времени основания и единственным мужским монастырем в Ярославле. Основан в 1615 году, вскоре после Смутного времени, когда вместе с польскими захватчиками в Россию проникал католицизм. Монастырь был возведен на месте приходской церкви, освященной в честь тех же святых. Открытие обители было связано с обретением чудотворного образа Нерукотворного Спаса в 1612 году. Существует сказание об иконе, найденной в часовне рядом с деревянной церковью Афанасия и Кирилла, которая стала основой для создания монастыря. В марте 1612 года в Ярославль прибыло народное ополчение под руководством князя Димитрия Пожарского и Козьмы Минина. Из-за большого скопления войск в городе началась эпидемия, и многие погибли. Жители обратились к протопопу Илье с просьбой провести крестный ход с иконой Толгской Богоматери. Во сне Илье явился Спаситель и повелел взять икону из часовни. После крестного хода произошло чудо: исцеление слепого. Второе чудо случилось, когда крестный ход не смог сдвинуться с места у часовни, где была найдена икона. В честь этого события была построена церковь. После этого эпидемия прекратилась, и ополчение отправилось в поход на Москву. В 1615 году земский староста Гавриил Мякушкин обратился к митрополиту Кириллу за благословением на создание монастыря. Царь Михаил Федорович поддержал обитель, предоставив ей деревни, рыбные ловли и налоговые льготы. В 1619 году монастырь получил грамоту, освобождающую его от налогов и пошлин. В 1623 году обители были пожалованы новые владения. В 1627 году монастырь добился освобождения своих людей от службы целовальниками. Первые постройки монастыря были деревянными и часто страдали от пожаров. В 1664 году была построена первая каменная церковь. В XVIII веке монастырь получил утварь из упраздненной пустыни и участвовал в ношении иконы Югской Богоматери. В 1764 году Екатерина II причислила монастырь к заштатным. После пожара 1768 года монастырь был восстановлен, и в XIX веке велись работы по его благоустройству. В 1857 году монастырь стал третьеклассной обителью. В 1895 году он стал резиденцией викарного епископа Ярославской епархии. В XX веке монастырь подвергался перестройкам, а в 1925 году был закрыт. В 2007 году храмы были переданы Ярославской епархии, и начались восстановительные работы. В 2009 году было принято решение о воссоздании монастыря. В 2011 году в монастырь вернулась икона Нерукотворного Спаса. В 2017 году началась реставрация обители, а в 2018 году были освящены новые колокола. В 2019 году завершены работы по воссозданию колокольни и реставрации живописи.