Le monastère, nommé en l'honneur des saints Athanase et Cyrille, patriarches d'Alexandrie, se distingue par deux caractéristiques uniques : il est le dernier fondé et le seul monastère masculin à Yaroslavl. Fondé en 1615, peu après le Temps des troubles, lorsque le catholicisme pénétrait en Russie avec les envahisseurs polonais. Le monastère a été construit sur le site d'une église paroissiale consacrée aux mêmes saints. L'ouverture de l'établissement a été liée à la découverte de l'image miraculeuse du Sauveur Non-Fait de Main d'Homme en 1612. Il existe une légende sur l'icône trouvée dans la chapelle près de l'église en bois d'Athanase et Cyrille, qui a servi de base à la création du monastère. En mars 1612, une milice populaire dirigée par le prince Dmitri Pozharsky et Kuzma Minin est arrivée à Yaroslavl. En raison de l'afflux massif de troupes dans la ville, une épidémie a commencé et de nombreux habitants sont morts. Les habitants se sont tournés vers le protégé Ilia pour demander de mener une procession avec l'icône de la Vierge de Tolga. Dans un rêve, le Sauveur est apparu à Ilia et lui a ordonné de prendre l'icône de la chapelle. Après la procession, un miracle s'est produit : la guérison d'un aveugle. Un second miracle s'est produit lorsque la procession n'a pas pu avancer près de la chapelle où l'icône avait été trouvée. En l'honneur de cet événement, une église a été construite. Après cela, l'épidémie a cessé et la milice est partie en campagne vers Moscou. En 1615, le chef de la terre Gavriil Myakushkin a demandé au métropolite Kirill la bénédiction pour créer le monastère. Le tsar Mikhaïl Fiodorovitch a soutenu l'établissement en lui fournissant des villages, des pêches et des exonérations fiscales. En 1619, le monastère a reçu un acte le libérant de taxes et de droits. En 1623, de nouvelles possessions ont été accordées à l'établissement. En 1627, le monastère a obtenu la libération de ses gens du service des baisers. Les premières constructions du monastère étaient en bois et souffraient souvent d'incendies. En 1664, la première église en pierre a été construite. Au XVIIIe siècle, le monastère a reçu des objets liturgiques d'une désertée et a participé au transport de l'icône de la Vierge de Ioug. En 1764, Catherine II a classé le monastère parmi les établissements hors statut. Après l'incendie de 1768, le monastère a été restauré, et au XIXe siècle, des travaux d'aménagement ont été réalisés. En 1857, le monastère est devenu un établissement de troisième classe. En 1895, il est devenu la résidence de l'évêque vicaire de l'éparchie de Yaroslavl. Au XXe siècle, le monastère a subi des reconstructions, et en 1925, il a été fermé. En 2007, les églises ont été transférées à l'éparchie de Yaroslavl, et des travaux de restauration ont commencé. En 2009, il a été décidé de recréer le monastère. En 2011, l'icône du Sauveur Non-Fait de Main d'Homme est revenue au monastère. En 2017, la restauration de l'établissement a commencé, et en 2018, de nouvelles cloches ont été consacrées. En 2019, les travaux de reconstruction du clocher et de restauration de la peinture ont été achevés.