El monasterio, nombrado en honor a los santos Afanasio y Cirilo, patriarcas de Alejandría, se destaca por dos características únicas: es el más reciente en cuanto a su fundación y el único monasterio masculino en Yaroslavl. Fundado en 1615, poco después del Tiempo de Troubles, cuando el catolicismo penetraba en Rusia junto con los invasores polacos. El monasterio fue construido en el lugar de una iglesia parroquial, consagrada en honor a los mismos santos. La apertura de la comunidad estuvo relacionada con la aparición de la imagen milagrosa del Salvador No Hecho por Mano en 1612. Existe una leyenda sobre el ícono, encontrado en una capilla cerca de la iglesia de madera de Afanasio y Cirilo, que se convirtió en la base para la creación del monasterio. En marzo de 1612, una milicia popular llegó a Yaroslavl bajo el mando del príncipe Dmitri Pozharsky y Kuzma Minin. Debido a la gran concentración de tropas en la ciudad, comenzó una epidemia y muchos murieron. Los habitantes se dirigieron al protópope Ilya pidiendo que se realizara una procesión con el ícono de la Madre de Dios de Tolga. En un sueño, el Salvador se le apareció a Ilya y le ordenó tomar el ícono de la capilla. Después de la procesión, ocurrió un milagro: la curación de un ciego. El segundo milagro sucedió cuando la procesión no pudo avanzar desde el lugar donde se encontraba la capilla, donde se había encontrado el ícono. En honor a este evento, se construyó una iglesia. Después de esto, la epidemia cesó y la milicia partió en campaña hacia Moscú. En 1615, el anciano de la tierra Gavriil Myakushkin se dirigió al metropolitano Kirill pidiendo bendición para la creación del monasterio. El zar Mijaíl Fiódorovich apoyó la comunidad, proporcionándole aldeas, derechos de pesca y exenciones fiscales. En 1619, el monasterio recibió un decreto que lo liberaba de impuestos y tasas. En 1623, se le otorgaron nuevas propiedades. En 1627, el monasterio logró liberar a su gente del servicio como besadores. Las primeras construcciones del monasterio eran de madera y a menudo sufrían de incendios. En 1664 se construyó la primera iglesia de piedra. En el siglo XVIII, el monasterio recibió utensilios de la desmantelada soledad y participó en el transporte del ícono de la Madre de Dios de Yug. En 1764, Catalina II clasificó el monasterio como de segunda categoría. Después del incendio de 1768, el monasterio fue restaurado, y en el siglo XIX se llevaron a cabo trabajos de mejora. En 1857, el monasterio se convirtió en una comunidad de tercera clase. En 1895, se convirtió en la residencia del obispo vicario de la diócesis de Yaroslavl. En el siglo XX, el monasterio fue sometido a reconstrucciones, y en 1925 fue cerrado. En 2007, los templos fueron entregados a la diócesis de Yaroslavl, y comenzaron los trabajos de restauración. En 2009 se tomó la decisión de recrear el monasterio. En 2011, el ícono del Salvador No Hecho por Mano regresó al monasterio. En 2017, comenzó la restauración de la comunidad, y en 2018 se bendijeron nuevas campanas. En 2019, se completaron los trabajos de recreación del campanario y la restauración de la pintura.