Церковь Иоанна Предтечи в Керчи представляет собой выдающийся образец ранневизантийской архитектуры, относящийся к концу IX и началу X веков. Это сложное сооружение окончательно сформировалось лишь к концу XIX века. Первоначальная постройка, находящаяся в восточной части церкви, была крестово-купольным храмом с тремя апсидами и четырьмя столпами. Верхняя часть храма выделялась крестообразной формой, а углы были понижены. Внутреннее пространство было разделено колоннами, что позволило объединить базиликальную и крестово-купольную архитектурные системы. Подобные храмы начали строить в IX веке в восточных регионах Византийской империи. Точно неизвестно, кто именно построил храм: местные мастера или приглашенные зодчие. Однако, учитывая сложность конструкции, вероятно, его строительство контролировалось имперской администрацией и патриархией Константинополя.

Внешние стены церкви привлекают внимание оригинальной кладкой из известняка, чередующегося с тонкими слоями обожженного кирпича и плинфы, что придает стенам нарядный вид. Этот способ был широко известен византийским зодчим и применялся в крупных общественных зданиях Херсона, Солуни и Константинополя. Внутренние арки, барабан купола и оконные проемы также выполнены из кирпича. Церковь венчает полусферический купол на круглом барабане, придающий зданию стройные очертания. Фасады украшены арками и пилястрами.

Архитектурная композиция храма подчеркивает вертикальность. Инженер Рыдзевский в 1867 году отметил несоразмерность поперечных и вертикальных размеров, что делало церковь доминантой городской застройки. Внутри храм поддерживают четыре крестообразных столба и четыре мраморные колонны с резными капителями. Колонны выполнены из мрамора с голубыми прожилками, добытого на острове Проконнес. Эти элементы, вероятно, являются местными сполиями, использованными из более древнего храма. В паруса церкви для улучшения акустики были вмонтированы амфоры, некоторые из которых обнаружены под поздней штукатуркой.

Вокруг церкви на протяжении веков совершались захоронения. Раскопки выявили десятки могил, датируемых XII-XV веками, хотя самые ранние относятся ко времени постройки храма. Благодаря хорошей сохранности церковь давно привлекала внимание путешественников и ученых. Первые упоминания о ней относятся к 1334 году, когда ее посетил Ибн-Батута. В 1634 году монах Эмиддио Дортелли д’Асколи записал легенду о том, что церковь была найдена в море. В 1666 году Эвлия Челеби упомянул о ней в своем описании Керчи.

После присоединения Крыма к России в 1783 году началось изучение его древностей. К концу XIX века существовали две версии о времени постройки храма. Одни ученые датировали его VIII веком, основываясь на надписи на колонне, другие считали, что колонна была взята из более древнего храма, и относили строительство к X-XII векам. Археологические раскопки 60-х годов XX века под руководством Т.И. Макаровой помогли воссоздать историю храма.

Место, где находится церковь, было заселено в первые века нашей эры. В VI веке здесь построили базилику, которая, вероятно, пострадала во время тюркского погрома 576 года. В конце VII века Боспор стал ареной борьбы между Византией и Хазарским каганатом, что привело к разрушению крещальни. В конце IX века на руинах хазарского времени построили церковь Иоанна Предтечи. Археологические данные показывают, что кварталы строились с учетом храма.

В XIV веке храм был реконструирован, а в последующие века, возможно, использовался как мечеть. После присоединения Керчи к Российской империи церковь передали греческой общине. В XIX веке ее неоднократно ремонтировали и достраивали. В 1920-е годы церковь закрыли, но она оставалась культурным и религиозным центром греческой общины.

Сегодня церковь Иоанна Предтечи является храмом Русской православной церкви и уникальным памятником средневекового зодчества, являясь древнейшим действующим православным храмом Восточной Европы.