La iglesia de San Juan Bautista en Kerch es un destacado ejemplo de la arquitectura temprano bizantina, que data de finales del siglo IX y principios del X. Esta compleja construcción se formó completamente solo a finales del siglo XIX. La edificación original, situada en la parte oriental de la iglesia, era un templo de cruz con cúpula que contaba con tres ábsides y cuatro pilares. La parte superior del templo se destacaba por su forma cruzada, y las esquinas estaban rebajadas. El espacio interior estaba dividido por columnas, lo que permitió combinar los sistemas arquitectónicos basilical y de cruz con cúpula. Templos similares comenzaron a construirse en el siglo IX en las regiones orientales del Imperio Bizantino. No se sabe con certeza quién construyó el templo: si maestros locales o arquitectos invitados. Sin embargo, dada la complejidad de la construcción, es probable que su edificación estuviera controlada por la administración imperial y el patriarcado de Constantinopla.

Las paredes exteriores de la iglesia llaman la atención por su original mampostería de piedra caliza, alternando con delgadas capas de ladrillo cocido y plinfa, lo que otorga a las paredes un aspecto festivo. Este método era ampliamente conocido por los arquitectos bizantinos y se aplicaba en grandes edificios públicos en Jersón, Salónica y Constantinopla. Los arcos interiores, el tambor de la cúpula y los vanos de las ventanas también están hechos de ladrillo. La iglesia está coronada por una cúpula semiesférica sobre un tambor circular, que le da al edificio contornos esbeltos. Las fachadas están adornadas con arcos y pilastras.

La composición arquitectónica del templo enfatiza la verticalidad. El ingeniero Rydzewski señaló en 1867 la desproporción entre las dimensiones transversales y verticales, lo que hacía de la iglesia un dominante en el paisaje urbano. En el interior, el templo es sostenido por cuatro pilares en cruz y cuatro columnas de mármol con capiteles tallados. Las columnas están hechas de mármol con vetas azules, extraído de la isla de Proconeso. Estos elementos son probablemente spoilia locales, utilizados de un templo más antiguo. En los pechinas de la iglesia se incorporaron ánforas para mejorar la acústica, algunas de las cuales fueron descubiertas bajo un yeso posterior.

A lo largo de los siglos, se realizaron enterramientos alrededor de la iglesia. Las excavaciones revelaron decenas de tumbas datadas entre los siglos XII y XV, aunque las más antiguas pertenecen al tiempo de la construcción del templo. Gracias a su buena conservación, la iglesia ha atraído desde hace tiempo la atención de viajeros y científicos. Las primeras menciones sobre ella datan de 1334, cuando la visitó Ibn Battuta. En 1634, el monje Emiddio D'Artelli d'Ascoli registró la leyenda de que la iglesia fue encontrada en el mar. En 1666, Evliya Çelebi la mencionó en su descripción de Kerch.

Después de la anexión de Crimea a Rusia en 1783, comenzó el estudio de sus antigüedades. A finales del siglo XIX, existían dos versiones sobre la época de construcción del templo. Algunos científicos lo dataron en el siglo VIII, basándose en una inscripción en una columna, mientras que otros creían que la columna fue tomada de un templo más antiguo y atribuían la construcción a los siglos X-XII. Las excavaciones arqueológicas de la década de 1960 bajo la dirección de T.I. Makarova ayudaron a reconstruir la historia del templo.

El lugar donde se encuentra la iglesia fue habitado en los primeros siglos de nuestra era. En el siglo VI se construyó una basílica, que probablemente sufrió durante la masacre turca del año 576. A finales del siglo VII, el Bósforo se convirtió en un escenario de lucha entre Bizancio y el Caganato Jázaro, lo que llevó a la destrucción del baptisterio. A finales del siglo IX, sobre las ruinas de la época jazara, se construyó la iglesia de San Juan Bautista. Los datos arqueológicos muestran que los barrios se construyeron teniendo en cuenta el templo.

En el siglo XIV, el templo fue reconstruido, y en los siglos posteriores, posiblemente se utilizó como mezquita. Tras la anexión de Kerch al Imperio Ruso, la iglesia fue entregada a la comunidad griega. En el siglo XIX, fue reparada y ampliada en varias ocasiones. En la década de 1920, la iglesia fue cerrada, pero siguió siendo un centro cultural y religioso para la comunidad griega.

Hoy en día, la iglesia de San Juan Bautista es un templo de la Iglesia Ortodoxa Rusa y un monumento único de la arquitectura medieval, siendo el templo ortodoxo en funcionamiento más antiguo de Europa del Este.