L'église de Saint Jean-Baptiste à Kertch est un exemple remarquable de l'architecture byzantine précoce, datant de la fin du IXe et du début du Xe siècle. Ce complexe a été définitivement formé seulement à la fin du XIXe siècle. La construction initiale, située dans la partie est de l'église, était un temple à coupole croisée avec trois absides et quatre piliers. La partie supérieure du temple se distinguait par sa forme cruciforme, et les angles étaient abaissés. L'espace intérieur était divisé par des colonnes, ce qui a permis de combiner les systèmes architecturaux basilical et à coupole croisée. De tels temples ont commencé à être construits au IXe siècle dans les régions orientales de l'Empire byzantin. Il n'est pas exactement connu qui a construit le temple : des artisans locaux ou des architectes invités. Cependant, compte tenu de la complexité de la construction, il est probable que sa construction ait été contrôlée par l'administration impériale et le patriarcat de Constantinople.

Les murs extérieurs de l'église attirent l'attention par leur maçonnerie originale en calcaire, alternant avec de fines couches de brique cuite et de plinthe, ce qui donne aux murs un aspect orné. Cette méthode était largement connue des architectes byzantins et était utilisée dans de grands bâtiments publics à Kherson, Thessalonique et Constantinople. Les arcs intérieurs, le tambour du dôme et les ouvertures de fenêtres sont également en brique. L'église est couronnée d'un dôme hémisphérique sur un tambour rond, donnant au bâtiment des contours élancés. Les façades sont décorées d'arcs et de pilastres.

La composition architecturale du temple souligne la verticalité. L'ingénieur Rydzewski a noté en 1867 la disproportion entre les dimensions transversales et verticales, ce qui faisait de l'église une dominante de l'urbanisme. À l'intérieur, le temple est soutenu par quatre piliers en croix et quatre colonnes en marbre avec des chapiteaux sculptés. Les colonnes sont en marbre avec des veines bleues, extraites de l'île de Proconnes. Ces éléments sont probablement des spoliations locales, utilisées d'un temple plus ancien. Des amphores ont été intégrées dans les voiles de l'église pour améliorer l'acoustique, dont certaines ont été découvertes sous un plâtre tardif.

Autour de l'église, des inhumations ont eu lieu pendant des siècles. Les fouilles ont révélé des dizaines de tombes datant des XIIe-XVe siècles, bien que les plus anciennes remontent à l'époque de la construction du temple. Grâce à sa bonne conservation, l'église a longtemps attiré l'attention des voyageurs et des chercheurs. Les premières mentions à son sujet remontent à 1334, lorsque l'explorateur Ibn Battuta l'a visitée. En 1634, le moine Emiddio Dortelli d'Ascoli a enregistré la légende selon laquelle l'église avait été trouvée dans la mer. En 1666, Evliya Çelebi l'a mentionnée dans sa description de Kertch.

Après l'annexion de la Crimée à la Russie en 1783, l'étude de ses antiquités a commencé. À la fin du XIXe siècle, deux versions existaient sur la date de construction du temple. Certains chercheurs le dataient du VIIIe siècle, en se basant sur une inscription sur une colonne, d'autres pensaient que la colonne avait été prise d'un temple plus ancien et attribuaient la construction aux Xe-XIIe siècles. Les fouilles archéologiques des années 1960 sous la direction de T.I. Makarova ont aidé à reconstituer l'histoire du temple.

L'emplacement de l'église était habité dès les premiers siècles de notre ère. Au VIe siècle, une basilique y a été construite, qui a probablement été endommagée lors du pogrom turc de 576. À la fin du VIIe siècle, le Bosphore est devenu le théâtre de luttes entre Byzance et le khanat khazar, ce qui a conduit à la destruction du baptistère. À la fin du IXe siècle, sur les ruines de l'époque khazare, l'église de Saint Jean-Baptiste a été construite. Les données archéologiques montrent que les quartiers ont été construits en tenant compte du temple.

Au XIVe siècle, le temple a été reconstruit, et dans les siècles suivants, il a peut-être été utilisé comme mosquée. Après l'annexion de Kertch à l'Empire russe, l'église a été transférée à la communauté grecque. Au XIXe siècle, elle a été réparée et agrandie à plusieurs reprises. Dans les années 1920, l'église a été fermée, mais elle est restée un centre culturel et religieux pour la communauté grecque.

Aujourd'hui, l'église de Saint Jean-Baptiste est un temple de l'Église orthodoxe russe et un monument unique de l'architecture médiévale, étant le plus ancien temple orthodoxe en activité d'Europe de l'Est.