Храм, посвященный Апостолам Петру и Павлу, находится в центре города Клинцы, в парке. Его строительство было профинансировано купцом и местным фабрикантом П. Исаевым в 1847 году, а освящение состоялось 3 февраля 1849 года. Проект здания разработал К. А. Тон, и оно является одним из первых примеров русско-византийского стиля в Брянской области.

В 1898-1899 годах церковь была расширена: с трех сторон добавили новые стены и устроили два дополнительных престола. Главный престол был перемещен на новое место и освящен 8 июля 1898 года в честь Святых первоверховных Апостолов Петра и Павла. Левый престол освятили 20 июля 1898 года в честь Святителя Николая Мирликийского, а правый, 16 августа 1900 года в честь Святителя Феодосия Черниговского.

В 1936 году храм был закрыт, и при Советской власти из него изъяли серебряные оклады с икон. Были разрушены архитектурные элементы, такие как шпиль и барабан колокольни. В 1943 году, в период Великой Отечественной войны, храм вернули верующим, что позволило оккупантам завоевать благосклонность народа. Здесь регулярно проводились богослужения и оказывалась помощь нуждающимся. Из-за отсутствия чертежей при восстановлении изменились очертания куполов.

Храм вновь закрыли в 1964 году. Внутреннее убранство было искажено, уничтожены фрески и алтарные перегородки, а пространство поделено. Аллея, соединяющая храм с центральной улицей, была ликвидирована, а здание передано спортивному обществу «Спартак». 19 декабря 1988 года городской Совет народных депутатов принял решение о восстановлении храма, которое началось в 1991 году. Внешний вид церкви был приближен к первоначальному проекту, иконостас перестроили, а внутреннее убранство полностью восстановили. Основной престол освятил Архиепископ Брянский и Севский Мелхиседек в июне 1994 года.

В 1995 году при храме открыли Воскресную церковно-приходскую школу, а в 2003 году было получено благословение Епископа Брянского и Севского Феофилакта на создание библиотеки.

К храму приписана часовня в честь Воскресения Господня, расположенная на Православном кладбище. Завершено строительство храма Благоверного князя Александра Невского.