Le temple, dédié aux Apôtres Pierre et Paul, se trouve au centre de la ville de Klintsy, dans un parc. Sa construction a été financée par le marchand et fabricant local P. Isaïev en 1847, et sa consécration a eu lieu le 3 février 1849. Le projet du bâtiment a été élaboré par K. A. Ton, et il est l'un des premiers exemples du style russo-byzantin dans la région de Briansk.

Entre 1898 et 1899, l'église a été agrandie : de nouveaux murs ont été ajoutés sur trois côtés et deux autels supplémentaires ont été aménagés. L'autel principal a été déplacé à un nouvel emplacement et consacré le 8 juillet 1898 en l'honneur des saints apôtres Pierre et Paul. L'autel gauche a été consacré le 20 juillet 1898 en l'honneur de Saint Nicolas de Myre, et le droit, le 16 août 1900 en l'honneur de Saint Théodose de Tchernigov.

En 1936, le temple a été fermé, et sous le régime soviétique, les ornements en argent des icônes ont été retirés. Des éléments architecturaux, tels que le clocher et le tambour, ont été détruits. En 1943, pendant la Grande Guerre patriotique, le temple a été restitué aux croyants, ce qui a permis aux occupants de gagner la faveur du peuple. Des services religieux y étaient régulièrement célébrés et de l'aide était apportée aux nécessiteux. En raison de l'absence de plans, les contours des dômes ont été modifiés lors de la restauration.

Le temple a de nouveau été fermé en 1964. L'intérieur a été déformé, les fresques et les cloisons d'autel ont été détruites, et l'espace a été divisé. L'allée reliant le temple à la rue centrale a été supprimée, et le bâtiment a été transféré à la société sportive « Spartak ». Le 19 décembre 1988, le Conseil municipal des députés populaires a décidé de restaurer le temple, ce qui a commencé en 1991. L'apparence de l'église a été rapprochée du projet initial, le chœur a été reconstruit, et l'intérieur a été entièrement restauré. L'autel principal a été consacré par l'Archevêque de Briansk et de Sevsk Melchisédek en juin 1994.

En 1995, une école paroissiale dominicale a été ouverte au sein du temple, et en 2003, la bénédiction de l'Évêque de Briansk et de Sevsk Théophylacte a été reçue pour la création d'une bibliothèque.

Une chapelle dédiée à la Résurrection du Seigneur est rattachée au temple, située au cimetière orthodoxe. La construction du temple du prince Alexandre Nevski a été achevée.